1、牛魔王为什么会出现在许多以意外的地方，比如小西天、高老庄
2、谁把东子和孙飞燕送入的时空隧道
3、为什么游所为在最后关头没有穿标有“打击盗版”的飞人装，这暗示了什么
4、唐僧在刚出长安的时候带着白龙马，却在高老庄对自己拥有白龙马的事情矢口否认，甚至也不认识小千了，在小西天，白龙马又回来了，这白龙马里有什么玄机
5、贯穿全剧的一个线索：历史不容改变，命运固定，这与一般的文学剧作明显相违背，这为了说明什么。
6、在有所为把小千灌醉拿了傻妞之后曾问过傻妞开机密码，傻妞显然不知道密码（否则也不必不输入密码强行开机救小千），但是在最后，傻妞又似乎知道密码是“我爱你”，让小千说，这是怎么回事。7、从牛魔王的表现来看，十分浮躁，根本不具备成大事的人的气质，但是他却很反动，以至于炸地球，这是怎么回事。
8、有所为从第二十集开始做坏事，到二十八集就改过自新，但却是反一号人物，是否将在第二步中做出比第一部中牛魔王更坏的事。
9、王天霸，小武，孙飞燕三人的观点很不稳定，是否是第二部中反面情节的导火线。
10、游所为还留有大太子，牛魔王还留有傻妞资料的光碟，这两件东西会起什么作用。
11、牛魔王在到现代之前也像黄眉一样，为什么会有和黄眉截然不同的命运，他怎么会读懂简体字的关于桑姆液的资料。怎么似乎对太子的操作如此熟悉。他怎么会有2060年的炸弹
12、傻妞在随后关头并未完全说明是否会回来，只是让小千好好活，隐藏了天机不可泄漏的意思，她到底是想让小千活到2060年，还是让他不要自杀。
13、小千怎么到达的地面。
14、小千和傻妞在知道了牛魔王要炸地球的阴谋之后就下去了，游所为怎么也知道。
15、为什么2060年没有桑姆液的资料，是不是第一批挖掘者是2060年之后的人。
我关于以上疑点的猜测：
1、白龙马是一个重要的人物，因为某种原因，在唐僧到达高老庄之前，消除了唐僧关于白龙马和小千的记忆。因为他不想吃唐僧肉，所以猜测他是正面人物，因此也可以猜测是他把东子和孙飞燕接到现代，把小千送到地面。
2、游所为从小娇生惯养，没了公司不能适应，走上邪路，成了真正的反一号。
3、有外星的幕后主使，看见了牛魔王因为利益放弃正义的本质，利用牛魔王破坏地球，给了牛魔王2060年的炸弹，把牛魔王传送到以外的位置。但是鉴于破坏地球动机不足的理由，我认为杀死变成白龙马的神秘人物才是他的真正目标。
3、游所为自己的飞人装代表了亦正亦邪，幕后主使最后看见牛魔王已经不能帮助他，又收买了游所为，让他消除牛魔王的记忆，并一直帮助幕后主使追杀白龙马。因为游所为在遇到唐僧时就已经改过自新，因此我认为是幕后主使欺骗了游所为。
4、桑姆液不能使人长生不老，但却是维持地球正常运转不能少的一种物质，幕后主使为了破坏地球，伪造了关于桑姆液的文件，目的是借刀杀人，借地球人的手破坏地球。
5、傻妞不知道密码，一直以来就不知道，最后关头傻妞问密码的用意并不是让小千说爱她，而是已经知道了自己会被炸弹炸到宇宙里，问清密码方便开机，真空不能传声因此只有她自己输入密码才能获救。最后在宇宙里，傻妞提示密码正确似乎验证了这一点。
6、傻妞不能保证自己能否平安归来，因此在最后说出了那么耐人寻味的话。
7、幕后主使通过傻妞的数据光碟复制了一大批魔幻手机，用以对付2060年的科学家和傻妞还有白龙马，科学家们的游戏水平不过关，只得求助与小千。
8、也有可能是在复活后不久就傻妞知道了这一切，知道了有关幕后主使和游所为被欺骗，以及用光盘复制魔幻手机的阴谋，（不知道炸地球的阴谋）只因为她认为不应该告诉小千，怕引发更多的腥风血雨，怕小千死，所以就没有说，因此才会在小千下去之后犹豫了好几秒自己才下去，她本想亲自销毁自己的数据光碟，但又担心小千的安全。我猜测她的计划是帮助白龙马消灭幕后主使，能活下来就去找小千，活不下来光荣。
贫道愚见，大家谈谈意见，也借鉴借鉴。
