比Taqman更经济的检测SNP方法：KASP
2014-03-29 00:45阅读：
比Taqman更经济的检测SNP方法：KASP
2014-03-28 陈巍学基因
便宜而准确的基因SNP分型方法一直是遗传学家追求的手段。
LGC公司出品的KASP方法，可以用2个荧光探针、2个通用淬来探针，再加多个位点特异探针来检则多个SNP位点。
原理视频
优 点
- 只要合成两个通用荧光探针，两个通用淬灭探针，再加合成多个针对具体位点的SNP
PCR引物，就可以测许多位点
-
因为荧光探针、和淬灭探针都很贵，KASP方法相比于Taqman方法，可以通过通用荧光探针来代替针对位点的荧光探针，大大节约成本
原理说明
第1步：
- 设计2个SNP PCR引物，各对应于一个SNP的等位基因，如图:
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- Allele 1引物3'末端是C；allele 2引物3'末端是A标签序列
- Allele 1引物5'末端是F序列；allel 2引物5'末端是H标签序列
- 设计荧光探针
-
- F探针与Allele 1标签序列一致；H探针与Allele 2标签序列一致
- F探针的5'端有一个FAM荧光基团；H探针的5'端有一个HEX荧光基团
- 相应于F探针和H探针，各设计一个3'端带淬灭基团的淬灭探针
第2步：
- 第一轮PCR，模板会与可互补的（3'末端能配对的）PCR引物进行退火，并发生扩增。
- 这步完成SNP识别
第3步：
- 第2轮PCR扩增，扩增出带有标签序列的PCR产物
-
这步完成把通用标签序列引入与SNP对应的PCR产物
第4步：
-
经过接下来几轮的PCR扩增，一方面淬灭探针被切碎，另一方面荧光探针更多地退火到新合成的、没有淬灭基团的互补链上，发出荧光
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