与报恩楼所在院落一门之隔就是这个紫竹禅院，它的历史较行宫还要久。据资料，明清时期，为显示帝王的好生之德与慈悲之心，历代帝后在御用河道—长河沿岸修建多处庙宇道观，星罗棋布的宗教建筑如同被长河穿起的颗颗珍珠，而“紫竹禅院”(福荫紫竹院禅院)就是其中一颗。禅院始建于明万历五年(1577)，当年慈圣皇太后在广源闸西侧兴建万寿寺的同时，也在这里建造了一座庙宇作为万寿寺的下院，当时庙内供奉观世音菩萨。由于这一带遍植铁杆荻，而这种植物在秋末冬初经霜后会呈现紫黑色，宛如紫竹林，因此命名为“紫竹禅院”。清代，北京西北郊陆续建立许多皇家园林，帝后由水路出游的次数逐渐增多，由于紫竹禅院西靠广源闸，北临南长河，南面的大湖又正是古高粱河的发源地，优越的水系状况恰好是藏舟设坞，转闸换船的理想场所，因此乾隆十六年时(1751)在禅院旁添建了行宫，用来承办帝后换船的相关事宜。清乾隆年间，皇家在禅院的西侧新建了行宫。当时的行宫比现存的面积要大，包括有三处湖泡，75间房屋，6座亭，37间游廊，4座平桥，两座码头和一座船坞。紫竹院从单一的寺院功能转变成为皇室提供换船、休息、娱乐、礼佛等多种功能。1900年至新中国成立前，福荫紫竹院命途多舛。行宫中的百余间房屋曾惨遭八国联军的洗劫，再加上清廷的衰败和日军的侵占，北平解放时，建筑群仅剩下报恩楼、前殿、山门区和东西跨院的部分房屋。此后，遗留下来的建筑也因种种原因一直出租，作为军队用房，还曾被总参三部幼儿园所用。1982年，在市园林局、紫竹院公园和多方共同努力下，福荫紫竹院才被收回。2009年，在市公园管理中心的支持下，福荫紫竹院才得以修复复建，2012年主体建筑竣工。
