高昌故城自公元前一世纪建高昌壁，到十三世纪废弃，使用了一千三百多年。始建时间距今已有两千多年了。它是吐鲁番地区千年沧桑的见证。
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高昌城于公元前一世纪，是西汉王朝在车师前国境内的屯田部队所建。《汉书》中最早提到了“高昌壁”。《北史·西域传》记载：“昔汉武遣兵西讨，师旅顿敝，其中尤困者因住焉。地势高敞，人庶昌盛，因名高昌”。汉、魏、晋历代均派有戊己校尉此城，管理屯田，故又被称为“戊己校尉城”。公元327年，前凉张骏在此“置高昌郡，立田地县”（《初学记》卷八引顾野三《舆地志》）。继之又先后为河西走廊的前秦、后凉、西凉、北凉所管辖。442年，北凉残余势力在沮渠无讳率领下“西逾流沙”，在此建立了流亡政权。450年，沮渠安周攻破交河城，灭车师前国，吐鲁番盆地政治、经济、文化的中心遂由交河城完全转移到高昌城。460年，柔然人杀北凉王安周，“以阚伯周为高昌王。高昌之称王自此始也”（《周书。高昌传》）。此后张、马、麴氏在高昌相继称王，其中以麴氏高昌统治时间最长，达一百四十余年（499-640）。这些“高昌王“均受中原王朝的册封。麴伯雅还曾到隋朝长安朝觐，并娶隋华容公主为妻。640年，唐吏部尚书侯君集带兵统一了高昌，在此置西州，下辖高昌、交河、柳中、蒲昌、天山五县。由侯君集所得高昌国户籍档案统计，当时有人口三万七千。八世纪末以后吐蕃人曾一度占据了高昌。九世纪中叶以后，漠北草原回鹘汗国衰亡后，西迁的部分余众攻下高昌，在此建立了回鹘高昌国。其疆域最盛时包括原唐朝的西州、伊州、庭州以及焉耆、龟兹二都督府之地。此外还统有分布在罗布淖一带的众熨及其它一些别的民族或部落，地域范围远远超过了今吐鲁番盆地。1209年，高昌回鹘臣附蒙古，成吉思汗赐回鹘高昌王为自己的第五子，并下嫁公主。十三世纪以后，天山以北广大地区的西北蒙古游牧贵族以海都、都哇为首发动叛乱，坚持“仍旧要生活在草原上，不能到城市地区去”，曾多次南下侵犯臣属于元朝的回鹘高昌国，1275年一次出兵十二万围攻火州（高昌）达半年之久，后来亦都护（高昌王号）火赤哈尔的斤终于战死在同海都、都哇的战争中。这场战火延续四十余年之久，高昌城在战乱中被毁。元延佑三年至五年（1316-1318），受元仁宗册封继承高王位的火赤哈尔的斤的儿子纽林的斤，在元朝的支持下，“领兵火州，复立畏兀儿城池”（《元史·巴而术阿尔忒的斤传》）。由于高昌城在战火中毁坏过甚，这次重建的火州城已不在高昌旧址，而在原高昌城西（今阿斯塔那居民村附近）。元朝统治瓦解后，火洲部割据处称“地面”，故《明史》称：“火州……东有荒城，即高昌国都”。
实地考察，证之文献资料，高昌郡时期高昌城已经有了现存的内城。外城墙是麴氏高昌时期所建。城北郊阿斯塔那-哈拉和卓古墓群出土的属于这一时期的文书中有“北坊中城”、“东南坊”、“西南坊”等记载，说明当时此城已经有中、外之分，东、南、西、北之别。见于文书中的城门有青阳门、建阳门、玄德门、武城门、金章门、金福门等。敦煌莫高窟藏经洞发现的《西州图经》中记：“圣人塔，在子城东北角”，表明唐代西州城是有子城的。早期的宫城在今“可汗堡”内。麴氏高昌时期随着外城的修建，宫城遂迁移到北部，南面而王，与隋唐时长安城的布局相似。回鹘高昌时期宫城内又曾大兴土木。
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