2016年10月27日，在东澳岛东部漫步中，发现东澳岛诸多历史文化遗迹。
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1899年10月，清政府正式使用筹建已久的东澳海关，用以维护海关对外贸易的管理和税务收益。并代替刚撤出的九龙海关长洲税厂的职能。
1919年5月31日，经中华民国总税务司批准，宣布关闭东澳海关。1939年2月，日军入侵，东澳岛沦陷。 1945年8月15日，日本正式投降。东澳岛光复。（东澳岛当时属于中山县管辖）
1950年5月31日凌晨2点，在万山群岛海战中，中国解放军攻克东澳岛。
1986年，东澳岛南沙湾发掘出土新石器时期的石网坠、夹砂陶斧，青铜器时期的青铜斧，北宋时期的刻花碗，以及明清瓷片等器物。说明夏商时期，距今3000多年前的东澳岛就已经有人类居住。东澳岛在明清时期是万山群岛中最繁华的海岛。岛上有3000余居民，农业、畜牧业、渔业、商业各业兼有，由于战乱频频，人口内迁，逐渐失去往日的光彩，岛上有明末守岛军民抵御外侮而构筑的铁城、烽火台等，还有日军侵华时日军飞机场旧址等及一些废弃的军事坑道等。
岛的东部留有明末守岛军民抵御外侮而构筑的铁城古堡铳城，当年常驻清兵50人。该城位于东澳岛澳口的山脊上，三面临海，一面靠山，气势雄伟，是虎门外面对付外国侵略者和强盗的的一道防线。密林中隐藏着万海平波石刻，中部有汉白玉送子观音像及送子仙泉，沿通天古道直上斧担山顶，观海上日出，相映生辉。
东澳岛“武当胜景”和“万海平波”两处摩崖石刻，刻于清代嘉庆年间。
当时，大海盗张保仔统领“五色帮”部队4万人以及4膄大船，打着“反清灭洋”、“劫富济贫”的旗号，称雄于南海海上。嘉庆元年，他们据大屿山为巢穴，出入于珠江口，在东澳岛刻下“万海平波”、“上帝行宫”等字样。嘉庆二十年以后，他们受清军征剿，撤离了东澳岛，据说临走时，他们将18箱财宝埋在石刻附近，分作“藏宝十八行，行行十八翁”，以待日后重归。藏宝于何处，一直是个谜。于是，岛上就留下了这样的歌谣：“珠宝十八箱，箱箱十八行，谁能得到它，早喝粥来晚宰羊”。
东澳岛铳城：位于东澳岛澳口的山脊上。据《香山县志》载，此铳城建于清雍正七年（1729年），驻兵50人。三面临海，一面靠山。石城墙，墙高2.5 米，上厚1.5米。其平面布局呈长方形，长48米，宽20.5米，城门设于东南面，炮台设在西北角，且在铳城东北约40米处建有立锥形的烽火台一座。1987年被公布为珠海市文物保护单位。东澳铳城遗址是一座古城堡，距今已有270年的历史了。站在城墙上看着一望无际的大海，很有点凭海临风的感觉，女生最好能够穿一条白色长裙，再戴一顶白色宽沿帽，肯定能拍出明信片一样的效果来。铳城内还有两座炮台。离铳城东南约20米处，临悬崖处有一高2米、呈圆锥形的烽火台。里面有火膛、烟道，是传递信号用的。东澳岛上还有建于1898年的海关遗址，这里的断壁残垣和破瓷碎瓦，缩影了近代中国的国门和外贸经济所走过的路。