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NGS QC Toolkit 安装

2015-03-27 21:02阅读:
下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术提供了一种高通量方式以产生大量的序列数据。但是,从这些技术中产生的序列数据的质量控制(quality control,QC)对于有意义的下游分析是极其重要的。进一步地,需要高效且快速的处理工具以处理大量数据集。
NGS QC工具包(NGS QC Toolkit),用于进行质量检查和高质量数据的过滤。这个工具包是一个单机且开源的应用程序,可以在http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html免费获得。该应用程序中的所有工具已经用Perl编程语言实现。该工具箱由使用Roche 454和Illumin平台产生的测序数据的质量控制的用户友好的工具,及辅助QC(序列格式转换器和修剪工具)和分析(统计工具)的额外工具组成。提供了多种选项以在用户定义的参数上促进QC。该工具箱被期望对NGS数据的QC是非常有用的,以促进更好的下游分析。​
安装过程:​
1、从 http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html下载工具包软件;​
2、安装依赖模块。​
On Linux:
Note: Check that perl has been installed on your system.
Download modules from http://search.cpan.orgFollowing are the web links for required modules:
(1) GD::Graph(http://search.cpan.org/~bwarfield/GDGraph-1.44/Graph.pm
)
This module requires two dependencies:
GD(http://search.cpan.org/~lds/GD-2.45/GD.pm)
GD::Text(http://search.cpan.org/~mverb/GDTextUtil-0.86/Text.pm)
(2) String::Approx(http://search.cpan.org/~jhi/String-Approx-3.26/Approx.pm)
Install these modules according to the “README” information provided with the module.​​
此外可以用capn 来安装​,利用root用户来安装​。
用源代码方式安装perl的GD库时,输入perl Makefile.PL 命令报如下错误:
Notice: Type perl Makefile.PL -h for command-line option summary. **UNRECOVERABLE ERROR**Could not find gdlib-config in the search path. Please install libgd 2.0.28 or higher.If you want to try to compile anyway, please rerun this script with the option --ignore_missing_gd.
安装gd-devel的rpm包即可解决:
#yum install gd-devel
3. 安装与使用
解压缩NGS QC工具包,工具在 NGSQCToolkit_v2.3.3/QC/中是一些perl脚本,按照说明使用。​
例如:​
perl IlluQC.pl -pe r1.fq r2.fq N A




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