下一代测序(next generation
sequencing,NGS)技术提供了一种高通量方式以产生大量的序列数据。但是,从这些技术中产生的序列数据的质量控制(quality
control,QC)对于有意义的下游分析是极其重要的。进一步地,需要高效且快速的处理工具以处理大量数据集。
NGS QC工具包(NGS QC Toolkit),用于进行质量检查和高质量数据的过滤。这个工具包是一个单机且开源的应用程序,可以在http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html免费获得。该应用程序中的所有工具已经用Perl编程语言实现。该工具箱由使用Roche 454和Illumin平台产生的测序数据的质量控制的用户友好的工具,及辅助QC(序列格式转换器和修剪工具)和分析(统计工具)的额外工具组成。提供了多种选项以在用户定义的参数上促进QC。该工具箱被期望对NGS数据的QC是非常有用的,以促进更好的下游分析。
安装过程:
1、从 http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html下载工具包软件;
2、安装依赖模块。
On Linux:
Note: Check that perl has been installed on your system.
Download modules from http://search.cpan.orgFollowing are the web links for required modules:
(1) GD::Graph(http://search.cpan.org/~bwarfield/GDGraph-1.44/Graph.pm
NGS QC工具包(NGS QC Toolkit),用于进行质量检查和高质量数据的过滤。这个工具包是一个单机且开源的应用程序,可以在http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html免费获得。该应用程序中的所有工具已经用Perl编程语言实现。该工具箱由使用Roche 454和Illumin平台产生的测序数据的质量控制的用户友好的工具,及辅助QC(序列格式转换器和修剪工具)和分析(统计工具)的额外工具组成。提供了多种选项以在用户定义的参数上促进QC。该工具箱被期望对NGS数据的QC是非常有用的,以促进更好的下游分析。
安装过程:
1、从
2、安装依赖模块。
On Linux:
Note: Check that perl has been installed on your system.
Download modules from http://search.cpan.orgFollowing are the web links for required modules:
(1) GD::Graph(http://search.cpan.org/~bwarfield/GDGraph-1.44/Graph.pm
