会计师事务所可能有多个分所，当一家会计师事务所合并另一家会计师事务所后，通常会将被合并的事务所变更为自己的分所。总所和分所的之间的关系，类似于总公司和分公司之间的关系，而不是母公司和子公司之间的关系。然而，分所在总所授权的情况下，可以自己的名义承接非上市公司的审计业务。从这一点来看，分所可能拥有的自主权比普通企业的分公司要大。
我国会计师事务所总所和分所之间的关系，首先是由财政部2000年4月28日发布的《会计师事务所分所审批管理暂行办法》（已失效）来加以规定的。但对于二者之间法律关系最明确的阐述，则来自于财政部2000年8月8日发布的《关于会计师事务所设立分所有关问题的通知》（已失效），其中表明了两点意见：
第一，合并后事务所为一个独立经济实体，统一承担法律责任，按独立审计准则等职业规范承接业务，出具业务报告。除了证券、期货相关业务和国家规定的其他业务必须由事务所总所出具业务报告并加盖事务所总所公章外，如业务工作中确实需要，经事务所总所书面授权，事务所分所可在总所授权范围内，以事务所分所名义签订业务约定书，出具业务报告，加盖事务所分所公章，并同时注明已经事务所总所授权。
第二，事务所分所是事务所的派出机构。事务所总所应对分所的人事、财务、执业标准、质量控制、人员培训等方面实行统一管理，特别应根据各个分所具体情况制定并实施有效的业务质量控制制度，并指定事务所总所或分所的业务负责人专职负责业务质量的复核。
上述两项法规已由财政部2005年1月18日发布的《会计师事务所审批和监督暂行办法》所取代。该办法第二十一条规定：会计师事务所应当在人事、财务、执业标准、质量控制等方面对其设立的分所进行统一管理，并对分所的业务活动和债务承担法律责任。既然总所需对分所的业务活动和债务承担法律责任，则意味着分所不能以自己的名义承接业务，签订业务约定书。
总所对分所的管理，是事务所质量控制的重要内容。总所对分所，尤其是合并而来的分所，如不能在人士、财务、执业标准、质量控制等方面实施有效的统一管理，则业务风险将得不到有效控制，事务所合并的初衷也将无法达到。
我国会计师事务所总所和分所之间的关系，首先是由财政部2000年4月28日发布的《会计师事务所分所审批管理暂行办法》（已失效）来加以规定的。但对于二者之间法律关系最明确的阐述，则来自于财政部2000年8月8日发布的《关于会计师事务所设立分所有关问题的通知》（已失效），其中表明了两点意见：
第一，合并后事务所为一个独立经济实体，统一承担法律责任，按独立审计准则等职业规范承接业务，出具业务报告。除了证券、期货相关业务和国家规定的其他业务必须由事务所总所出具业务报告并加盖事务所总所公章外，如业务工作中确实需要，经事务所总所书面授权，事务所分所可在总所授权范围内，以事务所分所名义签订业务约定书，出具业务报告，加盖事务所分所公章，并同时注明已经事务所总所授权。
第二，事务所分所是事务所的派出机构。事务所总所应对分所的人事、财务、执业标准、质量控制、人员培训等方面实行统一管理，特别应根据各个分所具体情况制定并实施有效的业务质量控制制度，并指定事务所总所或分所的业务负责人专职负责业务质量的复核。
上述两项法规已由财政部2005年1月18日发布的《会计师事务所审批和监督暂行办法》所取代。该办法第二十一条规定：会计师事务所应当在人事、财务、执业标准、质量控制等方面对其设立的分所进行统一管理，并对分所的业务活动和债务承担法律责任。既然总所需对分所的业务活动和债务承担法律责任，则意味着分所不能以自己的名义承接业务，签订业务约定书。
总所对分所的管理，是事务所质量控制的重要内容。总所对分所，尤其是合并而来的分所，如不能在人士、财务、执业标准、质量控制等方面实施有效的统一管理，则业务风险将得不到有效控制，事务所合并的初衷也将无法达到。