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2004年6月24日，神舟六号返回舱大型薄壁金属壳体加工完成，整舱开始总装
2004年8月4日，神舟六号推进舱开始总装
2004年12月3日，神舟六号从上海空运抵达北京
2004年12月8日，神舟六号完成了三舱对接
2004年12月18日，神舟六号整船交付通电测试
2005年4月15日，神舟六号开始进行整船特性级和验收级振动、噪声实验
2005年4月28日，神舟六号开始进行实验模拟正常的多天飞行、轨道留轨飞行程序和故障程序
2005年6月5日，神舟六号软件落焊并进行测试测试
2005年7月12日，神舟六号完成飞船总装，从北京空运抵达酒泉卫星发射中心
2005年9月2日，神舟六号在甘肃酒泉卫星发射中心测试厂房进行单元测试
2005年10月7日，神舟六号及运载火箭组装完毕
1、神舟六号飞船将从中国酒泉卫星发射中心载人航天发射场发射升空，运行在高度约343千米的近圆轨道。
2、飞船运行期间，两名航天员进入轨道舱进行空间科学实验。
3、飞船实现两人多天的飞行。
4、神舟六号飞船完成预定飞行任务后，返回内蒙古中部地区的主着陆场
继续攻克载人航天的基本技术；实现有人参与的空间科学实验；继续考核和完善工程七大系统的功能和性能。
全面深入考核工程各系统的工作性能，进一步巩固工程第一步任务特别是首次载人航天飞行的成果，为今后我国载人航天事业的持续发展进行必要的试验和探索
1、多人值乘。神舟六号为由费俊龙和聂海胜两名航天员组成的乘组。
2、多天飞行。神舟六号要在轨运行多天，飞行圈数、距离与以往相比大大增加。
3、人工实验。神舟六号舱内实验是中国第一次有人参与的空间科学实验。
4、多舱工作。神舟六号首次实现航天员前往轨道舱工作
神舟六号的轨道舱为圆柱状，总长度为2.8米，最大直径2.25米，一端与返回舱相通，另一端与空间对接机构连接，集工作、吃饭、睡觉、盥洗和方便等诸多功能于一体，是航天员的“太空卧室”兼“工作间”，兼有航天员生活舱和留轨实验舱两种功能。轨道舱里面装有多种试验设备和实验仪器，可进行对地观测，其两侧装有可收放的大型太阳能电池帆翼、太阳敏感器和各种天线以及各种对接结构，用来把太阳能转换为飞船的能源、与地面进行通讯等。作为航天员的“太空卧室”，轨道舱的环境很舒适，舱内温度一般在17至25摄氏度之间
神舟六号逃逸救生塔位于飞船的最前部，高8米，由一系列火箭发动机组成。在运载飞船的火箭起飞前900秒到起飞后160秒期间，一旦发生紧急情况，逃逸救生塔将紧急启动，使“神舟六号”飞船的返回舱和轨道舱与火箭分离，迅速逃离险地，并利用降落伞降落到安全地带
执行神舟六号载人航天飞行任务的测控网由北京、东风、西安三个指控中心，东风、渭南、青岛、喀什等国内测控站，纳米比亚、马林迪、卡拉奇等3个国外测控站，以及位于太平洋、印度洋、大西洋的4艘远望号测量船，组成的陆海基全球S波段统一测控通信网（可进行国际联网），对火箭、飞船完成测控通信任务