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宋仁宗赐院额，将太室书院改称嵩阳书院。北宋是嵩阳书院发展的鼎盛时期，至道三年（997年），宋太宗将太乙书院改称太室书院。景祐二年（1035年），宋仁宗赐院额，将太室书院改称嵩阳书院。至道元年，宋太宗向太乙书院颁赐印本九经作为教材。至道二年太宗赐“太室书院”匾额，并赐送“九经、子、史”诸书置校宫。宋真宗大中祥符三年复赐太室书院九经，并设置学官。宋仁宗景祜二年（1035年）赦令西京（洛阳）官员重修太室书院，诏以嵩阳书院为额。时任县太守的秘书著作郎王曾奏准置学官，掌管校务，拨良田一百亩作为办学经费和师生膳食之用。宝元元年间宋仁宗复赐田十顷作为学田以维持常年经费，学生来书院听讲，可由书院供给膳食。至宋神宗熙宁、元丰时期理学的“洛学”创始人程颢、程颐聚众讲学于嵩阳书院十余年，四方生徒摩肩接踵于此，书院声名大振。其鼎盛之时，宋代李鹿的《济南集》卷二《嵩阳书院诗》，描绘到：
“嵩阳敞儒宫，远自唐之卢。章圣旌隐君，此地构宏居。崇堂讲遗文，宝楼藏赐书。赏田逾千亩，负笈昔云趋。”书院与湖南长沙的岳麓书院、江西庐山的白鹿洞书院以及河南商丘的应天书院，并称为宋代四大书院。
清代，嵩阳书院再次兴盛。清康熙十三年（1674年），知县叶封在明嵩阳书院故基的东南处，复修建书院，筑堂三楹，新筑墙垣五十丈并将幸存的两株大柏树围入院中，同时修建了诸贤祠，祠内供奉“提举主管崇福宫程朱而下十四人”，分别是程颢、程颐、朱熹及司马光、韩维、杨时、范纯仁、吕诲、李纲、刘安世、李邴、倪思、王居安、崔与之。此为现在的嵩阳书院布局奠定了基础。
《施奕簪断地碑》
重修白衣阁並创建月台碑记
乾隆五十四年《重修嵩阳书院碑记》
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清代，嵩阳书院再次兴盛。清康熙十三年（1674年），知县叶封在明嵩阳书院故基的东南处，复修建书院，筑堂三楹，新筑墙垣五十丈并将幸存的两株大柏树围入院中，同时修建了诸贤祠，祠内供奉“提举主管崇福宫程朱而下十四人”，分别是程颢、程颐、朱熹及司马光、韩维、杨时、范纯仁、吕诲、李纲、刘安世、李邴、倪思、王居安、崔与之。此为现在的嵩阳书院布局奠定了基础。