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设僧正司（管理佛教的机构）；永乐十八年（一四二零）铸铁钟一口，钟声洪亮，声闻数十里，惜已不存。崇祯五年，天竺僧方志重建浮图。寺坐北朝南，分主次二轴线。主轴上由南向北依次建有山门、二殿、大雄宝殿，大殿左右分设钟、鼓二楼。殿间两侧建有侧殿、廊屋，形成三合或四合院落规制；次轴线上，前后各有一座面阔五间的殿宇，中间一侧另有较大型的殿宇，还有一些辅助用房。山门殿南是市河，再南边是城墙，外为护城河。地势高敞，环境开阔。
泰州文峰塔，又名南山寺塔，地处南城河畔，南山教寺东南，砖砌三层八面，南依凤城河，东靠文峰小区。
圆通宝殿原称作大雄宝殿，2014年更名圆通宝殿。大殿为庑殿重檐屋顶，类同北京太和殿、山东岱庙，是我国古建筑史上至高等级的屋顶样式，因其稀有，乃为贵。大殿中央供奉高约6.2米的千手观音圣象，为手工樟木雕刻。千手观音又称千手千眼观世音、千眼千臂观世音等，是我国民间信仰的四大菩萨之一。千手观音是阿弥陀佛的左胁持，与阿弥陀佛、大势至菩萨（阿弥陀佛的右胁持）合称为“西方三圣”。据佛教典籍记载，千手观音菩萨的千手表示遍护众生，千眼则表示遍观世间。千手观音的形象，常以四十二手象征千手，每一手中各有一眼。大殿的东西两侧为历时两年制作完成的84尊观音菩萨大悲像，大悲像是根据观音菩萨宣说的教人行善消灾降吉祥地84句“大悲咒”制作而成。雕刻大悲像用的楠木厚30厘米、高2米，22块楠木拼接起来，总长达20米，面积近80平方米。楠木上还雕刻有象征日月同辉的太阳、月亮、及祥云、松树、亭台楼阁、珍禽野兽等，与84尊大悲像融为一体，如同两幅波澜壮阔的立体山水画。如此规模宏大的楠木大悲像在江苏寺庙界乃至全国都属罕见。
泰州文峰塔，又名南山寺塔，地处南城河畔，南山教寺东南，砖砌三层八面，南依凤城河，东靠文峰小区。
圆通宝殿原称作大雄宝殿，2014年更名圆通宝殿。大殿为庑殿重檐屋顶，类同北京太和殿、山东岱庙，是我国古建筑史上至高等级的屋顶样式，因其稀有，乃为贵。大殿中央供奉高约6.2米的千手观音圣象，为手工樟木雕刻。千手观音又称千手千眼观世音、千眼千臂观世音等，是我国民间信仰的四大菩萨之一。千手观音是阿弥陀佛的左胁持，与阿弥陀佛、大势至菩萨（阿弥陀佛的右胁持）合称为“西方三圣”。据佛教典籍记载，千手观音菩萨的千手表示遍护众生，千眼则表示遍观世间。千手观音的形象，常以四十二手象征千手，每一手中各有一眼。大殿的东西两侧为历时两年制作完成的84尊观音菩萨大悲像，大悲像是根据观音菩萨宣说的教人行善消灾降吉祥地84句“大悲咒”制作而成。雕刻大悲像用的楠木厚30厘米、高2米，22块楠木拼接起来，总长达20米，面积近80平方米。楠木上还雕刻有象征日月同辉的太阳、月亮、及祥云、松树、亭台楼阁、珍禽野兽等，与84尊大悲像融为一体，如同两幅波澜壮阔的立体山水画。如此规模宏大的楠木大悲像在江苏寺庙界乃至全国都属罕见。