马来西亚的岛屿有6535个，其中沙巴水域共有394个总面积达3.7万平方公里，大多数为无人岛屿。而礁石、沙床、高潮低地等也有510个。
婆罗洲 743,330
婆罗洲，印尼称之为加里曼丹岛（印尼语：是世界第三大岛，亚洲第一大岛，面积736,000平方公里，仅次于格陵兰及新几内亚。现全境由印尼、马来西亚及汶莱三国管辖。北部为东马来西亚全境，行政区为沙巴与砂拉越二州，及纳闽联邦直辖区。砂拉越、沙巴及汶莱合称“北婆三邦”，简称“砂汶沙”。面积共有196,500平方公里。
布律岛（Pulau Bruit） 530 平方公里
布律岛又译布汝伊岛，位于马来西亚第一长河拉让江的入海口三角洲地带。
浮罗交怡岛 478.5 平方公里
浮罗交怡（马来语：Pulau Langkawi，英语：Langkawi Island）别译兰卡威、浪交怡、朗卡维、凌加卫岛，位于马六甲海峡，是马来西亚吉打州海岸104个大小群岛中最大的一个。浮罗交怡在槟城北方约112公里处，行政上属于马来西亚的吉打州，地理位置上靠近泰国。
石巴迪岛 452.2平方公里
石巴迪岛（Sebatik Island）是大巽他群岛中的一个岛屿，位于加里曼丹岛东部，面积452.2平方公里，北部属马来西亚沙巴州管辖，南部归属印度尼西亚东加里曼丹省，马来西亚属区人口约25,000人，印尼属区人口约80,000人。马来西亚与印度尼西亚曾于1963年在岛上进行激烈武装冲突。两国岛上边界至今尚未正式划定。
邦吉岛 441 平方公里
邦吉岛（马来语：Palau Banggi）是马来西亚的岛屿，由沙巴州负责管辖，位于婆罗洲北端，是马来西亚实际管治领土的最北端，