位点特异性重组也称保守性重组，常发生在原核生物。位点特异性重组发生在特殊的DNA序列对之间，依赖小范围同源序列的联会，同时重组也只限于发生在这一小范围。
1.λ噬菌体DNA整合
1）整合位点的结构
整合通过λDNA和细菌DNA之间的位点专一性重组实现，这些特定位点叫做附着位点。细菌DNA上的附着位点称为attB,大约长25bp，位点bio和gal基因之间，分为B、O、B’3个序列组分。λ噬菌体的附着位点称为attP.由P、O和P’三个序列组成，场240bp。attB和attP中两侧的B、B’和P和P’，P'称为臂，其序列结构各不相同，但两者的O序列完全一致，由15bp组成，λDNA的整合和切利都发生在该序列，因此，O序列也成为核心序列。
2）λDNA的整合
λ噬菌体的DNA双联线状结构，进入大肠杆菌细胞后通过首尾连接形成环状DNA。在λ噬菌体基因int的产物的结合酶（Int）和一个整合宿主因子IHF蛋白作用下，λDNA上的POP'序列与大肠杆菌染色体上的BOB’序列实行同源联会，然后通过双方DNA分子的断裂重接，λ噬菌体的DNA整合到大肠杆菌DNA分子中。整合到大肠杆菌DNA分子中的λ噬菌体成为原噬菌体，在λ原噬菌体DNA分子两边个形成一个att位点，其中一个位点是attL，序列组成是POB',两个位点都是重组的产物。
在整合过程中，首先两个环状DNA分子变成一个大环，然后attB和attP的核心序列（O序列）中的链断裂与重接，在attP和attB位点上产生同样的交错接口，形成5’—OH和3'-P的末端，交错切口的5’单链区为7bp,且attB和attP两个核心区的断裂完全相同。对特异性DNA具有强烈的亲和力的Int与attP，attB位点结合后，利用其拓扑异构酶活性使DNA两个双链各自断开一条单链瞬间旋转后交换连接，形成Holliday中间体。另外两条单链通过相同的过程断裂重接，完成双链间的重组。因此，当整合反应发生时，即在attP和attB处发生交叉重组，产生两个较小的环状DNA。在整合过程中，4条链同时被切断，交叉，然后磷酸二酯键又重新连接，期间没有发现任何稳定的中间产物。
1.λ噬菌体DNA整合
1）整合位点的结构
整合通过λDNA和细菌DNA之间的位点专一性重组实现，这些特定位点叫做附着位点。细菌DNA上的附着位点称为attB,大约长25bp，位点bio和gal基因之间，分为B、O、B’3个序列组分。λ噬菌体的附着位点称为attP.由P、O和P’三个序列组成，场240bp。attB和attP中两侧的B、B’和P和P’，P'称为臂，其序列结构各不相同，但两者的O序列完全一致，由15bp组成，λDNA的整合和切利都发生在该序列，因此，O序列也成为核心序列。
2）λDNA的整合
λ噬菌体的DNA双联线状结构，进入大肠杆菌细胞后通过首尾连接形成环状DNA。在λ噬菌体基因int的产物的结合酶（Int）和一个整合宿主因子IHF蛋白作用下，λDNA上的POP'序列与大肠杆菌染色体上的BOB’序列实行同源联会，然后通过双方DNA分子的断裂重接，λ噬菌体的DNA整合到大肠杆菌DNA分子中。整合到大肠杆菌DNA分子中的λ噬菌体成为原噬菌体，在λ原噬菌体DNA分子两边个形成一个att位点，其中一个位点是attL，序列组成是POB',两个位点都是重组的产物。
在整合过程中，首先两个环状DNA分子变成一个大环，然后attB和attP的核心序列（O序列）中的链断裂与重接，在attP和attB位点上产生同样的交错接口，形成5’—OH和3'-P的末端，交错切口的5’单链区为7bp,且attB和attP两个核心区的断裂完全相同。对特异性DNA具有强烈的亲和力的Int与attP，attB位点结合后，利用其拓扑异构酶活性使DNA两个双链各自断开一条单链瞬间旋转后交换连接，形成Holliday中间体。另外两条单链通过相同的过程断裂重接，完成双链间的重组。因此，当整合反应发生时，即在attP和attB处发生交叉重组，产生两个较小的环状DNA。在整合过程中，4条链同时被切断，交叉，然后磷酸二酯键又重新连接，期间没有发现任何稳定的中间产物。