兖州兴隆寺之名最早见于隋代仁寿二年（602），名为“普乐寺“，是隋文帝诏令第二批在全国建塔安置佛舍利的五十三（一说“五十一”）个州寺之一。该寺院于唐中宗神龙元年（705）二月改名为“中兴寺
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兖州兴隆寺之名最早见于隋代仁寿二年（602），名为“普乐寺“，是隋文帝诏令第二批在全国建塔安置佛舍利的五十三（一说“五十一”）个州寺之一。该寺院于唐中宗神龙元年（705）二月改名为“中兴寺
”。于神龙三年（707）二月复改名为“龙兴寺”，是该寺院沿用时间最长的寺名。自此，该寺与全国八十一州所置“龙兴寺”一道，成为该州地方官府于国忌日举行行道散斋等宗教活动的场所。该寺院在元代初年曾经因兵乱被焚毁。明代初年该寺院重建之时，因政治原因改名为“兴隆寺”。在明代，该寺院仍然是当地寺院和僧侣管理机构“僧纲司”所在的重要寺院。该寺寺塔首度修建于隋代仁寿二年，以安置朝廷颁送的佛舍利。现存之塔基与唐代咸通十一年（870）十月所造立之“朱常庆等《陀罗尼经》幢”之间有一定关系，故其基座甚至基座之上的若干层塔身，也可能是唐代甚至更早的遗物。现仍保存在兖州市博物馆的五代后梁乾化二年（912）正月龙兴寺残碑中亦提及寺塔，故可以推断，唐至五代时期，该寺院始终存在着寺塔。宋代嘉祐八年（1063）再次建塔。该寺塔于清康熙年间因地震被毁，在对基本保持完好的下部七层稍作修整后，再于其上修建石栏和六层子塔，形成现在所见寺塔之形制。
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