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点突变引物设计的问题

2019-12-26 11:15阅读:
点突变引物设计的问题
我突变了一个氨基酸,设计的引物照着说明书设计的,两条完全互补的引物,有个问题是为什么突变点两边都必须有一定长度的
重叠区呢?这样的话PCR形成引物二聚体的可能性就大了啊?

回答一:
设计点突变的引物应该是让中间的某个氨基酸突变吧,这样你就需要4条引物,基因全长的上下游引物以及点突变上的两条引物
(一条上游一条下游),首先要用全长基因的上游引物和突变位置的下游引物扩增得到前面的序列,再用突变位置的上游引物和
全长基因的下游引物扩增后面的序列,得到的这两部分片段按照1:1混合作模板,用全长基因的上下游引物扩增。因为这两段是
分离的,要想得到全长,那么中间的引物肯定要一定的重叠区,才能保证延伸时得到全长。在扩增的过程中并没有中间两条引物
同时加入一个反应体系中扩增的情况出现,因此也就不会出现二聚体。
回答二 图片

回答三:楼主要做的是一步的点突变。用两条完全互补的引物将整个质粒pcr扩增出来。扩增得到的缺刻质粒转化至带有基因修复功能的
dam+型细菌中,修复成完整的质粒。你放心做吧,没有问题的。我所做的成功率都非常高。你说的引物二聚体问题也有人做过改进
参考文献 L Zheng, U Baumann, and JL Reymond. An efficient one-step site-directed and site-saturation
mutagenesisprotocol. Nucl. Acids Res., 32:e115, 2004.但一般情况下,常规方法都能满足。

点评:问题估计问的是一步法(通俗来说就是扩环) ,理论上扩的环在凝胶电泳的时候也是能和二聚体分开的吧(实际也是能分开的),这样切胶回收的产物不就是质粒环了吗?哪怕是有引物二聚体,那又有什么关系呢?再通过转化之后挑斑就能得到要的质粒了。不过一般情况下不赞同使用一步法来做,如果仅仅只是需要得到目的基因,而不在乎载体是否有问题的情况下是可以使用的,如果是表达载体,万一有突变等情况而自己拿突变质粒去用了,怎么也表达不出来自己需要的蛋白,测序验证目的基因也是没有问题(一般我们不会去将整个质粒测通吧。),很难发现问题所在了。

回答二是将重叠pcr的过程讲解的非常详细, 而且我个人觉得重叠pcr非常好用,这个办法只是需要切一部分序列而已,而且做完之后都会测序验证目的基因,载体我们没有P过,可以保证载体的正确性。

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