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孔庙的总体设计是非常成功的。前为神道，两侧栽植桧柏，创造出庄严肃穆的气氛，培养谒庙者崇敬的情绪；庙的主体贯穿在一条中轴线上，左右对称，布局严谨。前后九进院落，前三进是引导性庭院，只有一些尺度较小的门坊，院内遍植成行的松柏，浓荫蔽日，创造出使人清心涤念的环境，而高耸挺拔的苍桧古柏间辟出一条幽深的通道，既使人感到孔庙历史的悠久，又烘托了孔子思想的深奥。座座门坊高揭的额匾，极力赞颂孔子的功绩，给人以强烈的印象，使人敬仰之情不觉油然而生。第四进以后庭院，建筑雄伟，黄瓦、红墙、绿树，交相辉映，既喻示出孔子思想的博大高深，也喻示了孔子的丰功伟绩，而供奉儒家贤达的东西两庑，分别长166米，又喻示了儒家思想的源远流长。
孔庙古建面积约16000平方米。主要建筑有金元碑亭、明代奎文阁、杏坛、德佯天地坊等、清代重建的大成殿、寝殿等。金牌亭大木做法具有不少宋式特点，斗栱疏朗，瓜子栱、令栱、慢拱长度依次递增，六铺作里跳减二铺，柱头铺作与补间铺作外观相同等。正殿庭采用廊庑围绕的组合方式是宋金时期常用的封闭式祠庙形制少见的遗例。大成殿、寝殿、奎文阉、杏坛、大成门等建筑采用木石混合结构，也是比较少见的形式。斗栱布置和细部做法灵活，根据需要，每间平身科多少不一，疏密不一，栱长不一，甚至为了弥补视觉上的空缺感，将厢栱、万栱、瓜栱加长，使同一建筑物相邻两间斗栱的栱长不一，同一柱头科两边栱长悬殊，这是孔庙建筑的独特做法。
孔庙保存汉代以来历代碑刻1044块，有封建皇帝追谥、加封、祭祀孔子和修建孔庙的记录，也有帝王将相、文人学士谒庙的诗文题记，文字有汉文、蒙文、八思巴文、满文，书体有真草隶篆，是研究封建社会政治；经济、文化、艺术的珍贵史料。碑刻中有汉碑和汉代刻字二十余块，是中国保存汉代碑刻最多的地方。乙瑛碑、礼器碑、孔器碑、史晨碑是汉隶的代表作，张猛龙碑、贾使君碑是魏体的楷模。此外还有孙师范、米芾、党怀英、赵孟頫、张起岩、李东阳、董其昌、翁方纲等人的法书，元好问、郭子敬等人的题名，孔继涑五百八十四石的大型书法丛帖玉虹楼法帖等。孔庙碑刻是中国古代书法艺术的宝库。
孔庙著名的石刻艺术品有汉画像石、明清雕镌石柱和明刻圣迹图等。汉画像石有90余块，题材丰富广泛，既有人们社会生活的记录，也有历史故事、神话传说的反映。雕刻技法多样，有线刻、有浮雕，线刻有减地，有剔地，有素地，有线地；浮雕有深有浅，有光面，有糙面。风格或严谨精细，或豪放粗犷，线条流畅，造型优美。明清雕镑石柱共七十四根，其中减地平镌五十六根，高浮雕十八根。减地平镌图案多为小幅云龙、凤凰牡丹，清雍正帝七年刻，崇圣祠刻牡丹、石榴、荷花等花卉，构图优美，是明弘治十七年的遗物。石雕的精品是浮雕龙柱；大成殴前檐十柱，每柱高达六米，最为高大，崇圣祠二柱龙姿矫健，云形活泼，水平最高。另外圣时门、大成门、大成殿的浅浮雕云龙石陛也有很高的艺术价值。圣迹因为明万历二十年(1592年)据孔庙宋金木刻增补而成，由曲阜儒学生员毛凤翼汇校、扬州杨芝作画、苏州石工章草上石，共一百二十幅，形象地反映了孔子一生的行迹，是我国较早的大型连环画之一，具有很高的历史价值和艺术价值。两千多年来，曲阜孔庙旋毁旋修，从未废弃，在国家的保护下，由孔子的一座私人住宅发展成为规模形制与帝王宫殿相埒的庞大建筑群，延时之久，记载之丰，可以说是人类建筑史上的孤例。
棂星门在泮水桥后，四楹三间。石柱铁梁，铁梁铸有12个龙头阀 阅。四根圆石柱中缀祥云，顶雕怒目端坐的天将。额枋上雕火焰宝珠，明间额坊由上下两层石板组成，下层刻乾隆皇帝手书“棂星门”3个大字，上层刻绦环花纹。明代时此门为木制，清乾隆十九年（公元1754年）重修时“易以石”。
空庙棂星门
棂星门里建二坊，南为太和元气坊，此坊建于明嘉靖二十三年（公元1544年）春，形制与金声玉振坊同，坊额题字系山东巡抚曾铣手书，赞颂孔子思想如同天地生育万物一样。北为至圣庙坊，明额题刻篆字，坊明代时原刻“宣圣庙”3字，清雍正七年（公元1729年）易为今名。坊为汉白玉石刻制，三间四柱，柱饰祥云，额坊上饰火焰宝珠。
后人为赞颂孔子思想对我国社会所发生的深远影响，使用了“德侔天地”、“道冠古今”8个字，意即他的贡献如同一夺一样大，他的主张古今来说都是最好的。因此在孔庙第一进院 落左右两侧修建了两座对称的木质牌坊，东题“德侔天地”，西题“道冠古今”，为孔庙的第一道偏门。两坊建于明初，具有明显的时代风格。建筑为木构，三间四柱五楼，黄色琉璃瓦，如意斗拱，明间十三踩，稍间九踩，中夹小屋顶五踩。坊下各饰 有8只石雕怪兽。居中的4只天禄，披麟甩尾，颈长爪利；两旁的4个辟邪，怒目扭颈，形象怪异。
过圣时门，豁然洞开，偌大一个庭院，古柏森森，绿荫匝地，芳草如茵。迎面3架拱桥纵跨，一水横穿，碧波涣涣，荷叶田田，环水雕刻有玲珑的石栏。水“壅绕如壁”，故名“壁水”，桥因而利名，称“壁水 桥”。
桥南东西二门，甬道相连，东匾“快睹门”，取李渤“如景星凤凰，争先睹之”语，即“先睹为快”之意；西匾“仰高门”取自《论语》“仰之弥高”语，赞颂孔子学问十分高深。此是孔庙的第二道偏门。过去只有皇帝祭祀才可走正门，一般人只驵从仰高门进庙。
璧水桥
壁水桥北为弘道门，是明洪武十年（公元1377年）时孔庙的大门，清雍正七年据《论语》“人能弘道”钦定命名，以赞颂孔子阐发了尧舜禹汤和文武周公之道。门下有元碑两块，东四棱碑为“曲阜县历代沿革志”,记载