Smith-Waterman算法是1981年Smith和Waterman提出的一种用来寻找并比较具有局部相似性区域的动态规划算法，很多后来的算法都是在该算法的基础上发展的。这是一种两序列局部比对算法，把两条未知的序列进行排列，通过字母的匹配，删除和插入操作，使得两条序列达到同样长度，在操作的过程中，尽可能保持相同的字母对应在同一个位置。当两条序列进行比对时，找出待比对序列中的某一子片段的最优比对。这种比对方法可能会揭示一些匹配的序列段，而本来这些序列段是被一些完全不相关的残基所淹没的。
其算法过程简单描述为：
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其算法过程简单描述为：
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