siRNA序列设计法则
2009-06-08 23:10阅读：
RNAi实验的方法有好几种，如果说选择一种最简单、快速的方法，当然是使用化学合成的siRNA（稳转除外），且沉默结果的重复性相比其他方法更好。QIAGEN公司不仅在siRNA序列上拥有先进的设计法则和合成技术，还提供了包括siRNA转染、沉默后结果验证的全套实验工具，可以让大家轻松拿到成功的RNAi结果。
QIAGEN公司的siRNA序列设计法则HP
OnGuard
siRNA
Design，是基于全球制药巨头Novartis(诺华制药)的BioPredsi
神经元网络算法而开发的，在2005年Dieter
Huesken等人就使用BioPredsi算法设计出50，000个siRNA进行全
基因组siRNA筛选（发表在
Nature Biotechnology上），而且在2007年Olga
Matveeva等还通过3,336条siRNA对10种已有的siRNA设计体系做了比较，得出的结论是可靠性BioPredsi
>
ThermoComposition（Dharmacon）>
DSIR.
并且QIAGEN提供的siRNA是通过BioPredsi复杂的运算后进一步经过一系列严格的分析（大致的分析流程如下图）才获得的，这些严格的分析包括：
全球最大的siRNA验证项目：在2007年QIAGEN的科学家使用覆盖多个基因家族（激
酶、磷酸
酶、
癌症相关基因等）的几千条siRNA进行了效果验证，大量的数据被用来改进siRNA设计的整个流程。
专利的同源性分析工具：使用最新的序列数据库进行同源性分析，确保siRNA的准确性。
Affymetrix基因芯片分析：通过全
基因组分析结果对siRNA设计进行不断改进，最大程度减少Off-target脱靶效应。
序列稳定性不对称原则：确保反义链有效进入RISC，减少Off-target脱靶效应。
3’UTR区域分析：siRNA反义链的2-7位碱基（seed
region）与非目标基因的3’UTR通过类似miRNA的方式进行非特异性沉默，严谨的比对3’UTR/
seed
region减少了脱靶效应。
干扰素位点屏蔽：一些序列motifs会引起细胞的干扰素反应，含有这些motif的siRNA会被设计体系剔除。
SNP位点屏蔽：跨SNP位点的siRNA在某些实验中效率可能会下降，因此排除掉这些siRNA可提高siRNA的效率。
QIAGEN已经通过HP
OnGuard
siRNA
Design设计出针对人、小鼠、大鼠全
基因组的siRNA,
覆盖了>73,000个基因，称为HP
GenomeWide
siRNA,
其中>2,100个人类基因的siRNA经过实验验证,称为HP
Validated
siRNA。通常QIAGEN为每个基因提供4条siRNA针对同一mRNA不同的区域，便于验证沉默效果的特异性,建议实验者选择2条或以上进行实验。
siRNA的查找非常简单，只需要在QIAGEN的GeneGlobe数据库中（www.qiagen.com/geneglobe）输入基因名称或Gene
ID，即可检索到相应siRNA。
siRNA的包装也非常灵活，无论是沉默单个基因（小到1nmol包装），还是做基因家族、全
基因组文库筛选（小到0.1nmol包装），还是做体内实验（大量siRNA合成，至克级），QIAGEN都提供相应的产品，价格从几百元起，让每个想做RNAi实验的Lab都能负担得起高品质的siRNA。
此外，如果您需要的siRNA在GeneGlobe中检索不到，QIAGEN还提供定制的设计和/或合成服务，其中HP
Guaranteed
siRNA为100%满意承诺产品。
RNAi实验的另一个非常重要的环节就是siRNA的转染，对此QIAGEN提供的HiPerFect试剂专为siRNA转染而设计，已经成功的应用在许多种类型的细胞上，即便是难转染的原代细胞、悬浮细胞也成功的转染过。且比起其它转染试剂，HiPerFect能够在更低的siRNA浓度下进行高效沉默，进一步减少了高浓度siRNA引起的脱靶效应。对于沉默结果的验证，在mRNA水平，QIAGEN还提供全套的快速检测试剂，包括RNA抽提纯化、引物、逆转录、real-time
PCR试剂，给您的RNAi实验带来无限方便，更确保了结果的可靠性。
来源URL：
http://www.bioon.com.cn/sub/showarticle.asp?sub_id=1002&newsid=9689
