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瓦罕走廊历史上曾是欧亚大陆地区的古丝绸之路的一部分，是华夏文明与印度文明、中亚文明、波斯文明和欧洲文明交流的重要通道。
公元627年，唐朝高僧玄奘启程赴天竺（古印度）那烂陀寺，途中经过瓦罕走廊，并于公元645年返回长安，将其所见所闻写成《大唐西域记》。
19世纪末，由于俄罗斯帝国的侵略扩张，中俄两国曾在包括瓦罕走廊在内的整个帕米尔高原发生争端。
同时，俄、英两大帝国由于在中亚内陆地区争夺势力范围，也不断在阿富汗地区发生冲突。
为避免进一步的冲突，1895年3月11日，英俄签订了《关于帕米尔地区势力范围的协议》，划定两国在帕米尔的势力分界线，将兴都库什山北麓与帕米尔南缘之间的狭长地带划作两国间的“隔离带”，这条“缓冲地带”就是瓦罕走廊。
1963年中国外交部长陈毅和阿富汗内务大臣阿布杜·卡尤姆在北京签订了《中华人民共和国和阿富汗王国边界条约》，对包括瓦罕走廊在内的边界进行了划分。
依照该协议，两国边界线南起海拔5630米的雪峰，北至海拔5698米的克克拉去考勒雪峰。此边界线是全世界海拔最高的陆地边境之一。