进入闽台缘二楼大厅，首先看到的是主题馆的前沿部分：一幅红色海峡两岸地图的漆画和四根雕刻威龙盘旋在上的柱子，头顶为立体感很强的蓝色天空图画。主题馆的第一个部分，呈现的是一幅远古家园的场景。海峡两岸一水之隔、福建与台湾一衣带水的地理渊源在这里得到充分体现。
首先是一座台湾海峡地形变迁示意模型。通过模型我们可以看到海平面之下大陆与
台湾岛的连接情形。当地球进入第四纪更新世冰河期间，也就是距今1.8万年前，地球气候急剧变冷，台湾海峡水面下降到最低位置，低于现在海面150米左右，于是海峡变通途，大陆古动物与古人类不断迁徙岛内，但冰期结束后，海平面又上升，重新形成台湾海峡。之后闽台两地先民冲破惊涛骇浪的险阻，仍然保持原始文化的密切联系，共同开辟了远古的家园。旁边是体现台湾岛和台湾海峡形成的七幅直观图。
接下来陈列的是体现这一时期在两地发现的古动物和古人类骨骼化石的图片和实物，其中有台湾桃园县大溪内栅、新竹县宝山、台南县左镇菜寮坑、高雄四旗津、屏东县恒春等地发现中国犀牛、台湾古象、中国剑齿象、野牛、古鹿、野猪等化石。这些化石与福建三明万寿岩、漳州东山县海域、泉州石狮海域出土剑齿象、野牛、古鹿等古动物化石十分相似，属于同一动物群。台湾与福建古动物遗迹，形象地反映了新生代第四纪时，华南的古动物群通过海退后形成海峡陆桥，迁移台湾岛的结果。同时泉州渔民在台湾海峡深处捕捞上来的“右肱骨化石”被鉴定为是从大陆向台湾迁徙的早期人类，命名为“海峡人”。第一部分展厅还有一些内容则是大陆和台湾在不同时期文化的对比。
史前文化中，闽台先民创造了诸多原始文化。而台湾长滨文化和三明万寿岩文化以及漳州莲花池山文化的对比中，我们可以看到台湾长滨县出土的石片器、砾石偏锋砍器、细石器、手斧等文物，还有三明万寿山发现的旧石器时代人工地面、排水沟等遗迹，漳州莲花池山出土的刮削器等遗物。这些遗物有一定地相似性，所以长滨文化的人类，可能来自华南地区。
台湾岛的连接情形。当地球进入第四纪更新世冰河期间，也就是距今1.8万年前，地球气候急剧变冷，台湾海峡水面下降到最低位置，低于现在海面150米左右，于是海峡变通途，大陆古动物与古人类不断迁徙岛内，但冰期结束后，海平面又上升，重新形成台湾海峡。之后闽台两地先民冲破惊涛骇浪的险阻，仍然保持原始文化的密切联系，共同开辟了远古的家园。旁边是体现台湾岛和台湾海峡形成的七幅直观图。
接下来陈列的是体现这一时期在两地发现的古动物和古人类骨骼化石的图片和实物，其中有台湾桃园县大溪内栅、新竹县宝山、台南县左镇菜寮坑、高雄四旗津、屏东县恒春等地发现中国犀牛、台湾古象、中国剑齿象、野牛、古鹿、野猪等化石。这些化石与福建三明万寿岩、漳州东山县海域、泉州石狮海域出土剑齿象、野牛、古鹿等古动物化石十分相似，属于同一动物群。台湾与福建古动物遗迹，形象地反映了新生代第四纪时，华南的古动物群通过海退后形成海峡陆桥，迁移台湾岛的结果。同时泉州渔民在台湾海峡深处捕捞上来的“右肱骨化石”被鉴定为是从大陆向台湾迁徙的早期人类，命名为“海峡人”。第一部分展厅还有一些内容则是大陆和台湾在不同时期文化的对比。
史前文化中，闽台先民创造了诸多原始文化。而台湾长滨文化和三明万寿岩文化以及漳州莲花池山文化的对比中，我们可以看到台湾长滨县出土的石片器、砾石偏锋砍器、细石器、手斧等文物，还有三明万寿山发现的旧石器时代人工地面、排水沟等遗迹，漳州莲花池山出土的刮削器等遗物。这些遗物有一定地相似性，所以长滨文化的人类，可能来自华南地区。