以图位克隆技术克隆基因，分子标记的开发与筛选是关键步骤之一，差异明显的分子标记在数据统计上一清二楚，不容易出错，如果能够以琼脂糖胶来分辨，更是极大的节约了实验时间。现在随着高通量测序技术的发展，获得一个物种完整基因组变得越来越容易，因此分子标记的开发也不再是什么难事。结合这几年的研究工作，来说一下目前最经常用到的SSR和InDel分子标记的开发与筛选，自己的一些心得体会，以玉米为模式生物基因克隆过程中标记的开发为例。
先说个题外话，很多刚刚接触分子标记的人，常常会问到底什么是分子标记？多态又是什么？举个简单例子，你出门去某个地方，查询得知，要经过一座大桥，一个公园，一个别墅小区，一栋99层的大楼，这些大桥、公园、小区、大楼就是你到目的地前首先要找标志性建筑，在基因克隆上就是所说的分子标记。那么什么是态多呢？所谓多态其实就是差异性。月季花应该都见过，有白色的、有黄色的、有红色的，这些颜色上差异就是多态，只不过这个多态是形态学上的多态。如果说到这里还不是很明白，不用着急，当你亲手做一段时间后，自然就会明白什么是分子标记了。
SSR（Simple Sequence Repeats）简单重复序列，又称之为微卫星DNA，在拟南芥、玉米、水稻、小麦、烟草等植物中非常丰富，因此被广泛用来基因定位、亲缘分析等。其串联重复的核心序列为1—6 bp，重复单位数目不一样，高度多态性就是来源于其串联数目的不同
先说个题外话，很多刚刚接触分子标记的人，常常会问到底什么是分子标记？多态又是什么？举个简单例子，你出门去某个地方，查询得知，要经过一座大桥，一个公园，一个别墅小区，一栋99层的大楼，这些大桥、公园、小区、大楼就是你到目的地前首先要找标志性建筑，在基因克隆上就是所说的分子标记。那么什么是态多呢？所谓多态其实就是差异性。月季花应该都见过，有白色的、有黄色的、有红色的，这些颜色上差异就是多态，只不过这个多态是形态学上的多态。如果说到这里还不是很明白，不用着急，当你亲手做一段时间后，自然就会明白什么是分子标记了。
SSR（Simple Sequence Repeats）简单重复序列，又称之为微卫星DNA，在拟南芥、玉米、水稻、小麦、烟草等植物中非常丰富，因此被广泛用来基因定位、亲缘分析等。其串联重复的核心序列为1—6 bp，重复单位数目不一样，高度多态性就是来源于其串联数目的不同
