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重新建造了三组砖木结构的楼群：中间的主楼为欧洲古典式灰砖楼，东、西、北各有一座楼房。在楼群的东、西两边，各有一组风格相同的建筑，1907年竣工。1910年12月成立海军部，将原在1909年陆军部东侧新建的贵胄学堂迁出，改为海军部办公楼，两部共走一个大门。
此后这里纠结着一连串血雨腥风的民国旧事，“你方唱罢我登场”的纷乱争夺。1912年袁世凯任临时大总统时，总统府和国务院设在这里；1919年后，靳云鹏任国务总理兼陆军总长，改为总理府；1924年段祺瑞被北洋军阀推举为中华民国临时执政，再改为执政府。1926年3月18日执政府门前发生了震惊中外的“三•一八惨案”，鲁迅称“民国以来最黑暗的一天”；同年4月10日，北京发生政变。国民军包围了临时执政府，段祺瑞出逃，由冯玉祥接管……。
“七•七事变”前这里成为宋哲元的二十九军驻京军部及冀察政务委员会，1937年日军占领华北，成为日军侵华最高行政机关。西院为日本派遣军华北最高司令部，冈村宁次就驻扎于此。1945年抗战胜利后，由第十一战区长官孙连仲接管，改为战区长官司令部，北平解放前夕成为警备司令部。解放后成为中国人民大学宿舍，原陆军部部分为中国人民大学清史研究所，东院原海军部部分由中国社会科学院的几个研究所使用。2006年被国务院定为全国文物重点保护单位。
原王府的大门保存完好，坐北朝南五开间，较其它王府大门的面阔、进深都大，悬山调大脊两山露明七架梁也是在别的王府所没有的。门前一对石狮子，隔街对面是一座悬山顶砖雕大影壁。
段祺瑞执政府院内的东西两组建筑群至今保存完整，它们没有采用中国传统的那种“墙倒屋不塌”木框架结构形式，全部用砖做承重结构，木屋架，铁皮屋顶。其中陆军部南楼，在东西两组建筑群中是最有特色的一座建筑。
陆军部南楼为欧洲古典式灰砖楼，前后面三间楼门，中部门厅以上三层，两侧及翼楼均为两层。门窗和外廊均做拱券，外墙全部采取用于高级房屋的上等砖—停泥砖。在细部的装饰上采用了大量的砖雕，刻画入微、工艺娴熟，具有很高的艺术价值。在大型建筑上如此规模地使用砖雕是罕见的，但这些表现花篮、福寿、卍字、卷草的世俗砖雕，应用在军事衙署的建筑上是否协调，值得商榷。