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有晋法华僧在此结庐修念《法华经》，显现灵异，乃称此山为法华山。法华寺自昙翼法师开山以来，声名卓著，常有远方文人和僧人来拜访探胜。法华寺几经兴衰，南宋时，宋高宗来西溪法华寺进香礼佛，赐法华寺为龙归寺、法华坞为龙归坞，以纪念他从北方归来，凭借杭州城重铸江山的愿望，由此法华寺声名远播，香火旺盛，成为杭州地区著名的三大“香市”之一。江浙一带善男信女都来进香，杭州城中流行着“法华进香，西溪踏青”的说法。当时西溪舟楫相接，上香古道人群摩肩接踵，法华寺在香烟燎绕，暮鼓晨钟中显现一片祥和繁荣景象，为“西湖天下景”增添了一幅热闹的景观。
后来寺院在战乱中荒废。经历代修缮扩建，规模极为壮观，成为当时西溪最大的寺院。当时，寺院周围十八里山上皆是梅树，春天梅花盛开时，成为法华寺著名景观之一。据《西溪志》记载“东南法席之盛，无如云栖，修净立教，万行庄严，四方淄素雷动云集”可见当年法华寺的盛况。法华寺一度成为中国佛教界高级僧才的培育中心。1925年11月25日，应乾老和尚示寂，舍利灵塔建在杭州法华寺20世纪末，在原全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初先生直接关怀和支持下，经中国佛教协会、杭州市人民政府批准，对法华寺进行重修，历时数年，修整后的法华寺占地百余亩，由山门、天王殿、大雄宝殿、法堂、藏经楼、钟楼、鼓楼、禅堂、法华讲堂、应乾老和尚舍利塔等组成，并按赵朴初先生遗愿，在寺前建有赵朴初居士真身灵骨塔，供众瞻仰。另有国际禅修中心、万佛塔、法华书院等正在筹建之中。
法华寺佛缘深厚，不仅迎请到释迦牟尼佛真身舍利，并于2009年6月20日，圆满落成供奉佛舍利的宝塔。在建塔及开光过程中，时显瑞相，万德圆融。除了佛舍利外，法华寺还供奉有法华祖师舍利、妙善大和尚舍利、王骧陆上师舍利，重大佛教节日时供奉瞻仰，为法华一宝。此外，法华寺内还供奉着清代翡翠观音宝像，宝像通高达2.19米，庄严慈悲，堪称丛林至宝，国内唯一。
现代的法华寺坐落在四面环山的法华山深密的树林里，从法华山入法华坞，经流香溪，历三十一兰若，并及十峰十泉，坞口有古法华亭，亭边及寺后千年进香古道，石级横铺，绿荫蔽日，直抵北高峰。寺院整体结构，紧凑而幽深，寺院建筑依山而上，有山门、钟楼、鼓楼、天王殿、大雄宝殿、法堂、藏经楼、禅堂、法华讲堂、舍利塔等，特别是在法堂和藏经楼的台边，在这清净的环境里，听到法华泉泉声叮咚清澈，鸟鸣宛转，顿感尘心洗涤，超凡脱俗。