新浪博客

[转载]Gaussian高斯的运行及cpu和内存的设置方法

2011-12-13 15:21阅读:

之前介绍过Gaussian高斯的安装方法,下面整理一下运行Gaussian时一些细节和需要注意的地方,以及Gaussian计算中内存和cpu的设置方法,如有不对之处,还请留言指出。如果没有特别说明,本文中都是在Linux环境下进行操作。
Linux下运行高斯Gaussian 03的命令
只在后台运行并输出为test.log文件:
g03 test.gjf &
需要在屏幕上显示并输出为test.out文件:
g03 < test.gjf |tee test.out
不在屏幕上显示并输出文件为test.out文件:
g03 < test.gjf >test.out &
在Linux中对当前目录下所有Gaussian gjf输入文件用g03进行批处理
在 Linux中批处理运行Gaussian 03的shell脚本如下:
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
outf=`echo ${inf}|tr 'gjf' 'out'`
g03 < ${inf} > ${outf}
done

作用:把当前目录下所有的gjf文件用g03 计算,文件扩展名自动改为out。
上述脚本解析
#!/bin/bash
在shell 脚本
中,以#开头的行是注释,但在文件最开始的以#! 开头的行指定解析这个脚本所用的程序。此处是bash,还可以是csh,python, tcl等若干。
for inf in *.gjf
do

Done

循环,变量为inf,变量取值为当前目录下的所有*.gjf 文件。
outf=`echo ${inf}|tr'gjf' 'out'`
${inf}: shell中变量取值时候需要在前面加$, 当变量名为多个字符时候最好用{}
echo ${inf}: 显示inf 的值,此处在每次循环时候为某一个*.gjf 的文件名
echo ${inf}|tr 'gjf''out' : 把inf 替换为out,为同windows 下的g03兼容,用out做后缀
outf=`echo ${inf}|tr 'gjf''out'` :给outf 赋值
g03 < ${inf} >${outf}
用g03 计算,从inf 输入,outf 输出
g03进行批处理gjf文件脚本的使用方法
1.将脚本文件另存为batch_g03.sh,然后用chmod命令给它加上可执行权限:
chmod u+x batch_g03.sh
2.把批处理脚本文件放到一个PATH 包含的路径下面(如g03目录下)
3.从终端进入存放gjf输入文件的目录,然后输入“batch_g03.sh &”即可依次计算改目录下的所有gjf 文件。
4.最后输入 exit命令关闭终端即可。
注:也可以直接batch_g03.sh批处理脚本直接放到gjf文件所在目录里面,然后输入./batch_g03.sh亦可执行批处理。
以下版权声明必须遵守,转载时必须以链接的形式注明如下信息:
原载于 散人笔记

我的更多文章

下载客户端阅读体验更佳

APP专享