杭州永福寺位于灵隐之西约一华里处的石笋峰下，自东晋慧理禅师开山至今，已有1600多年的历史。据清康熙年间《杭州府志》载，永福寺座落于飞来峰乎猿洞对面的形胜山下，旧分上下两寺，与下天竺(旧称翻经院)等寺一样，同为慧理禅师开山创建。据载，东晋咸和元年(362年)，西印度高僧慧理来杭卓锡筑庵，接连兴建了灵鹫，灵隐等十座道场，永福寺是其中之一。南朝刘宋元嘉年间(公元424-453年)，有慧琳禅师继慧理开山后筑庵于石笋峰下。后晋天福二年(937年)，吴越王钱元瓘于石笋峰下建晋圆院，又与山同名为资严寺。
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北宋大中祥符元年(1008年)，敕改额为永福寺。熙宁年间郡守祖无择爱石笋之胜，乃于寺旁建庵，名邺公庵。当时永福寺内方丈四壁多有赵阅道、苏东坡、秦少游等人的留题与竹画。南宋咸亨年间(1265-1274)，宋度宗之母隆国夫人据永福寺为香火院，并斥资扩建，宏规巧构，丹矆相辉，碧光琉璃瓦覆盖于顶。逝后以寺超然台为葬，移寺于西，自此一寺两院。元至元年间(1335-1340)，清凉山僧人正宗卓锡东院，因其常衣白衲，人称白衲庵。明成化二年僧人古香于上院建海日楼。后于弘治年间寺被洪水淹废。万历年间寺得复兴，由徐宏基题额为'永福禅林'。
清顺治年间僧静昭驻锡复兴，康熙十年东高心越禅寺移住永福，五年后，应邀东渡日本，弘传曹洞宗并创寿昌派禅法，同时传授琴学与书画篆刻艺术，在日本佛教及艺术界均享有盛誉。永福寺随后渐废。乾隆四十四年永福寺依原有规模重建，后又渐废。二00一年杭州市佛教协会恢复重建。