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开元寺始建于唐垂拱二年（公元686年），初名“莲花寺”。唐开元二十六年（公元738年），唐玄宗下令全国各州建一座开元寺，遂改名为开元寺。到了元代，开元寺内集合了佛教众多宗派，形成了“千人共住”的盛况。元末时期（约1357年），由于战乱，开元寺再次被损毁。自万历二十二年（公元1594年）至1981年后，陆续翻修了大殿、后殿、东西塔等建筑。现存大殿为崇祯年间（1628－1644年）郑芝龙重修。中轴线由紫云屏、天王殿、拜庭、大雄宝殿（又名百柱）、甘露戒坛、藏经阁组成。
开元寺1962年被福建省人民政府列为省级重点文物保护单位；1982年被列为全国重点文物保护单位。