科研笔记6：如何添加自己的力场参数2

GROMACS实例分析2：碳纳米管周期体系

最早读博期间，主要用NAMD来模拟气体/水在碳纳米管中的扩散，转成Gromacs后发现网上教程不多，偶尔有几个付费的视频（有一定的启发），也有不少错误（比如碳纳米管的周期性问题）。这里做一个简单的讲解（在实例分析1的基础上）。
目标：计算Ar在(8,8)armchair式碳纳米管中的扩散系数。
第一步：构建一个纳米管
这里比较推荐Material Studio，Avogadro（Build->Nanotube Builder），不过还有专门针对构建纳米管的软件：Nanotube Modeler（该软件目前看来对于初学者相当方便，比Avogadro的优势是可以建超长的纳米管，比如超过50 nm）。
图1：VMD中49.1nm (8,8) 碳纳米管示意图
第二步：创建纳米管的拓扑
创建碳纳米管的拓扑是关键。在Gromacs中，构建气体扩散体系，我更喜欢用itp文件，清爽干净。先写一个atomname2type.N2T文件，如图2。模板在gromacs安装路径share/top/oplsaa.ff里面找。碳纳米管的碳周围周期性围着3个碳，键长均为0.142 nm。根据自己对于原子的定义，修改非键参数ffnonbonded.itp和成键ffbonded.itp。