三楼主要展示土司文化：土司卧室、土司议政厅、官司房、客人住房、土司餐厅、土司大烟房、管家卧室等等。土司办公和生活都集中在此楼，土司等级严格，下人和一般奴仆不能上三楼，只有大管家和贴身侍女、侍卫能出入。头人和客商也只能应邀才可以。
这是土司夫人套房，里面还有储藏室。
油灯房。
这是土司夫人套房，里面还有储藏室。
油灯房。
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土司专用餐厅
角落上还有专用茶桌。
土司会客室
土司经堂
土司卧室
储藏室，放了不少宝物。
三楼可以走到外面，四周围成回形路。煨桑塔，“煨桑”嘉荣藏族传统习俗之一，最早源于宗教仪式，传说人间和神界可以通过柏树烟传达心愿，当人有想要实现的夙愿和祈求时将柏树枝点燃放在煨桑塔内，对着默许，祷告夙愿和祈求将随着烟雾飘上云霄传达给神灵。
密谈室是土司和夫人商议重大事情或接见娘家人的地方。
土司夫人照
土司夫人起居室
这几间，都是土司夫人专用
官司厅。介绍说这里的“官司”指民事诉讼，是极其严密的世袭等级制定的个人专制实质所在。案件依据历史定规，受命土司和宗教人士干涉，所以民事案件不能独立审判。看重以调解为主，判断为辅。
三楼的厨房，土司专用。
厨房内
土司议政厅，专供土司和各地头人商议重大事宜、研究制定重大决策的场所。其座位等级排列严格。
俺也坐坐土司专座。
土司议政厅内
土司议政厅内
大烟房，专供客商吸食鸦片的地方，1940年境内出现大量种植，索观瀛土司开始收取烟税，卓克基一度成为嘉绒地区的经济贸易中心之一。
座位上都放着烟枪。
土司文物兵器室
四楼上的转经筒。