miRNA进行靶基因预测，软件根据种子区(seed region)原则把miRNA 5’端的第2-8位碱基与mRNA的3’UTR上的一段7nt序列进行完成互补配对。
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工具 |
网址 |
运算速度 |
特点 |
| 1 |
Targetscan |
www.targetscan.org |
快 |
新浪博客
miRNA进行靶基因预测，软件根据种子区(seed region)原则把miRNA 5’端的第2-8位碱基与mRNA的3’UTR上的一段7nt序列进行完成互补配对。
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如何快速找到不同软件预测的交集？简单的方法是，可以使用在线工具。例如 bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
在网页上分别输入不同的软件的结果列表，提交之后就可以得到结果了。
以上软件一般都能在线使用，例如PITA，可以分别输入多条基因序列和多条miRNA，并且自己设置参数进行靶基因预测。（网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_prediction.html ）
附：PITA和RNAhybrid的在linux系统下的使用方法。（是转载的）
======PITA=====
PITA的基本参数[4]大概是这样子的：
PITA的帮助文档如下，其中值得你关注的点我注释了出来：
syntax: pita_prediction.pl [OPTIONS]
Execute the PITA algorithm for identifying and scoring microRNA target sites.
options:
（就是seed区域的长度，默认是6-8，这里调整为7-8）
（因为不允许G:U配对，所以调整为 6;0,7;0,8;0）
PITA的标准输出结果示例如下：
UTR microRNA Start End Seed Loop dGduplex dG5 dG3 dG0 dG1 dGopen ddG
chr1-32146379 hsa-miR-339-5p 82 74 8:1:1 0 -20.89 -10.5 -10.39 -39.82 -20.46 -19.35 -1.53
chr20-48173714 hsa-let-7a 39 31 8:1:1 0 -13.4 -5.7 -7.7 -19.48 -0.43 -19.04 5.64
=====RNAhybrid=====
RNAhybrid对MFE（minimum free energy）有cutoff参数限制，所以这里我会选择ΔG小于或等于-20 kcal/mol [4]。
Usage: RNAhybrid [options] [target sequence] [query sequence].
options:
Either a target file has to be given (FASTA format) or one target sequence directly.
Either a query file has to be given (FASTA format) or one query sequence directly.
The helix constraint format is 'from,to', eg. -f 2,7 forces
structures to have a helix from position 2 to 7 with respect to the query.
and are the position and shape parameters, respectively,
of the extreme value distribution assumed for p-value calculation.
If omitted, they are estimated from the maximal duplex energy of the query.
In that case, a data set name has to be given with the -s flag.
PS graphical output not supported.
PNG and JPG graphical output not supported.
target: *****（具体UTR个案为具体个案名字）
length: 30
miRNA : *****（具体miRNA个案为具体个案名字）
length: 22
mfe: -24.4 kcal/mol （MFE 即minimum free energy）
p-value: 0.001448
position
target 5' C
miRNA
所以基本上呢，上述形式是不太适合发表格式的，所以建议你自制一个代码专门读取这些文件，最后这个文件会被整理成这个样子：
-24.4 kcal/mol
***
********
-- end && reference
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版本一直在更新，用户非常多 |
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| 2 |
miranda |
http://www.microrna.org/microrna/home.do |
快 |
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| 3 |
PITA |
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html |
慢 |
影响因子最高，推荐客户选择 |
| 4 |
RNAhybrid |
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ |
慢 |
比TargetScan的假阳性更高 |
| 5 |
microTar |
tiger.dbs.nus.edu.sg/microtar/ |
慢 |
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| 6 |
miRecords |
mirecords.biolead.org |
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已经验证的人类靶标数据库 |
| 7 |
PICTA |
http://pictar.mdc-berlin.de/ |
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数据库版本为miRBase
18.0 |
如何快速找到不同软件预测的交集？简单的方法是，可以使用在线工具。例如 bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
在网页上分别输入不同的软件的结果列表，提交之后就可以得到结果了。
以上软件一般都能在线使用，例如PITA，可以分别输入多条基因序列和多条miRNA，并且自己设置参数进行靶基因预测。（网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_prediction.html ）
附：PITA和RNAhybrid的在linux系统下的使用方法。（是转载的）
======PITA=====
PITA的基本参数[4]大概是这样子的：
- ΔΔG 小于或等于 -10 kcal/mol
- Seed区域长度为 7-8 nt
- 不允许 G:U配对
PITA的帮助文档如下，其中值得你关注的点我注释了出来：
syntax: pita_prediction.pl [OPTIONS]
Execute the PITA algorithm for identifying and scoring microRNA target sites.
options:
（就是seed区域的长度，默认是6-8，这里调整为7-8）
（因为不允许G:U配对，所以调整为 6;0,7;0,8;0）
PITA的标准输出结果示例如下：
UTR microRNA Start End Seed Loop dGduplex dG5 dG3 dG0 dG1 dGopen ddG
chr1-32146379 hsa-miR-339-5p 82 74 8:1:1 0 -20.89 -10.5 -10.39 -39.82 -20.46 -19.35 -1.53
chr20-48173714 hsa-let-7a 39 31 8:1:1 0 -13.4 -5.7 -7.7 -19.48 -0.43 -19.04 5.64
- 从上述输出结果可以一窥，因为PITA没有提供一个cutoff来限制能量值，所以自行写个脚本去读取PITA的输出文件并筛出ΔΔG 小于或等于 -10 kcal/mol的案例。
- 另外PITA也不给出miRNA-mRNA之间的配对关系，只给出位置信息，喜欢偷懒的我选择用RNAhybrid帮我去绘制配对关系图。所以RNAhybrid也就沦为我的一个绘图工具而已。
=====RNAhybrid=====
RNAhybrid对MFE（minimum free energy）有cutoff参数限制，所以这里我会选择ΔG小于或等于-20 kcal/mol [4]。
Usage: RNAhybrid [options] [target sequence] [query sequence].
options:
Either a target file has to be given (FASTA format) or one target sequence directly.
Either a query file has to be given (FASTA format) or one query sequence directly.
The helix constraint format is 'from,to', eg. -f 2,7 forces
structures to have a helix from position 2 to 7 with respect to the query.
and are the position and shape parameters, respectively,
of the extreme value distribution assumed for p-value calculation.
If omitted, they are estimated from the maximal duplex energy of the query.
In that case, a data set name has to be given with the -s flag.
PS graphical output not supported.
PNG and JPG graphical output not supported.
- 输入的miRNA和mRNA可以是单纯序列，也可以是一个fasta文件里好多个序列。
- 输出会直接打印在终端里，所以建议你在终端以 “>' 输出保存为一个文件，所以你也能体会我为什么把它当作我下游一个绘图工具使唤了
target: *****（具体UTR个案为具体个案名字）
length: 30
miRNA : *****（具体miRNA个案为具体个案名字）
length: 22
mfe: -24.4 kcal/mol （MFE 即minimum free energy）
p-value: 0.001448
position
target 5' C
miRNA
所以基本上呢，上述形式是不太适合发表格式的，所以建议你自制一个代码专门读取这些文件，最后这个文件会被整理成这个样子：
-24.4 kcal/mol
***
********
-- end && reference
- 【转】miRNA数据库
http://joseph.yy.blog.163.com/blog/static/50973959201192121757343/ - PITA
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html - RNAhybrid
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/> - ?Marín, R. M., & Vanícek, J. (2011). Efficient use of accessibility in microRNA target prediction. Nucleic acids research, 39(1), 19-29. doi:10.1093/nar/gkq768