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2.5
dNTP
2.5
forward primer(20um)
1.5
down primer(20um)
1.5
模板(来自质粒
1
Taq Pol
0.4
总量
25

程序如下:
95,2 min
30 cycles: 95,10 s;54,30 s;72,1-3 min(延伸时间为普通时间×2)
72℃,7 min
4℃ forever
PCR扩增DNA-DIG标记,用PCR DIG mix,10×cone,其它一切同①一样,只是dNTP换成DIG mix
2%胶电泳①和②产物,带DIG的DNA片段应大于不带标记的
2 μl PCR product 点样,检测亮度与特异性;
2 μl DNA DIG probe 点样,检测亮度与特异性。
④标记好的探针(DIG的PCR产物)放在-20℃保存
注:1.所用瓶子都要专用,事前用DEPC处理后,用无菌水配制所有溶液;
2.整个过程膜不能用手碰,不能折!不能用夹子夹中间;
3.换溶液手要快,别磨磳。
二、RNA的甲醛变性电泳(共两次)
第一次制胶跑电泳为定量用,第二次制胶跑电泳才留做转膜用
制甲醛变性胶(1-2%)放置1 h以上才能用(3h以内)
1.5 g Agarose+94.6 ml 1×MOPS buffer,微波炉加热5 min(瓶子封闭不开盖),冷却50-60℃,加入5.4 ml 37%甲醛,一直于通风橱内搅拌,倒胶也在通风橱中进行,上下用保鲜膜包好。
10×MOPS buffer配方:0.2 M MOPS,50 mM乙酸钠,20 mM EDTA,最后用5 N NaOH调pH值7.0。
RNA样品准备、
260 nm处测OD,每个样品测3次,求平均值×4=××μg/μl
上样:2份上样缓冲液(现用现配)+1份RNA,混匀,65℃变性10-15 min,冰上放置1 min,用于点样(RNA样品浓度1-5 μg,样品全部加DEPC水至10 μl,与20 μl上样buffer混匀,65℃水浴10 min,冰上放置1 min之后即可用于点样。
上样buffer配方(500 μl):
去离子甲酰胺
250 μl
37%甲醛
83 μl
10×MOPS buffer
50 μl
50%甘油
94 μl
2.5%溴酚蓝
3 μl
EB(200 mg/ml)
25 μl
电泳
(DEPC水配:1×MOPS buffer为电泳液
电压恒压:3-4V/cm,40-50V)时间3 h以上,也可过夜。
三、RNA的甲醛变性膜转膜
第一天晚上:
1、切胶,把胶的四周孔切去,保持胶的水平,在第一孔上方做切角,标记方向。
2、胶上面朝下,放在转移槽滤纸上,保持水平,四周用保鲜膜封好(保持水从正下方吸上来,胶的RNA不会扩散)。
3、尼龙膜(不可用手拿)切角,铺在胶上(直接铺干膜)。
4、两层滤纸(灭菌过)铺在尼龙膜上,可以在尼龙膜上加适量20×SSC起湿润的作用。
5、吸水纸3-5张叠好,大约要20叠(压下5-6 cm),平放于滤纸上,上面再加500 g重物(切记放平),过夜转12-16 h。
第二天中午:
拿下吸水纸,膜取下后,经紫外交联(2000-2500剂量)照射后,用无菌水冲洗10 min(洗去多余盐离子),然后把膜放在滤纸上,自然凉干于抽屉中。
第二天下午4:00左右:膜预杂交
准备合适的杂交袋,50℃预热的杂交液,膜放入袋中,封好(尽量减少空间,保持膜平整),加入3-4 ml预热杂交液,封口机封好,50℃轻摇1 h。
下午5:00左右:膜杂交
取适量(3 μl)DIG-DNA探针(-20℃保存),加30-50 μl DEPC水,100℃水煮5 min,冰上放置1 min;
袋中加入新50℃杂交液3-4 ml,加入探针,封口;
50℃杂交10-16 h(轻摇)。
注:20-50 ng探针/ml杂交液。
第三天早上9:00左右:洗膜
1、取干净烘干的小盒,把膜从袋中取出,正面向上放入盒中;
2、2×SSC+0.1%SDS室温摇5 min,共2次;
3、预热70 0.5×SSC+0.1%SDS,68℃摇二次,15 min/次(动作要快,夹子夹边角处,防止对膜损伤);
4、预热70 0.1×SSC+0.1%SDS,68℃摇二次,15 min/次;
5、Maleic Acid Buffer室温摇2 min。
第三天早上10:00左右:膜封闭与抗体(室温)
1、取新的盒子,加20 ml 1.0%的Blocking Solution(用Maleic Acid Buffer溶解)室温摇60 min;
2、换10-20 ml抗体Solution,用Blocking Solution溶解(抗体一般1:10000),室温摇45 min。
膜清洗(室温及膜显影及检测)
1、用100 ml左右Washing Buffer摇两次,15 min/次;
2、用20 ml Detection Buffer摇3 min。
膜检测
1、正面滴一滴CDP-Star,室温放5-10 min;
2、压片检测(同Western)。

DIG标记法RNA blot所需试剂的配制
1、Maleic Acid Buffer(2升):
maleic acid 0.1M 约23.22 g;
NaCl 0.15 M 17.532 g
定容后,加进口的NaOH颗粒约15-16 g,最后用5 N NaOH调pH 7.5,高压灭菌。
2、Washing Buffer:
灭菌后的1+3 ml Tween/L
3、20×SSC(1升):
NaCL 3 M 175.3 g
柠檬酸钠0.3 M 88.2 g
高压灭菌
4、洗膜液:
2×SSC+0.1%SDS
0.5×SSC+0.1%SDS
0.1×SSC+0.1%SDS
把水准备好,加入1 g/L SDS后,高压灭菌,用时加入20×SSC母液。
5、Detection Buffer(1升):
12.1 g Tris(0.1 M)
5.85 g NaCl(0.1M)
用浓HCl调pH 9.5,高压灭菌。
6、10×MOPS(1升):
将41.8 g MOPS溶解于700 ml水中,加入50 ml 1M的乙酸钠和40 ml 0.5 M EDTA(pH 8.0)定容至1升,用5 N NaOH调pH=7.0,高压灭菌。
7、杂交液(250 ml)
(1)100%甲酰胺 125 ml
(2)30×SSC 41.5 ml
(3)1M 磷酸缓冲液(NaH2PO4和Na2HPO4各1 M)

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