[转载]Fish亲笔:.ab1或.seq序列文件批量转换合并为fasta
2015-04-18 11:51阅读:
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问题引出:我想将多个.ab1或.seq,批量转换成一个fasta文件,看了论坛上的建议,用BioEdit做了尝试,能实现,但生成fasta中序列表头和原来.ab1文件名不同。比如:sample.ab1
转成fasta得到的表头却是“>E05(下一行是序列)”,可能跟测序公司有关;而我想得到的是这样:“>sample(下一行是序列)”。如何做到一致呢?
软件:
DNASTAR.Lasergene (V7.1版本,支持win8)
这款软件不仅可以满足上述要求,而且
对.ab1和.seq格式均支持。
步骤(以.seq为例):
1.选用EditSeq功能
2.把需要转换合并的文件全选,拖进软件,继续点Just Open
3.运用Export all as one功能
4.以fasta格式保存,完成。
另外,Linux下可用cat语句合并多个fasta文件,举例:cat file1
file2 file3 >file_all