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（1）轨道舱的布局
轨道舱呈圆桶形状，是航天员在太空生活和工作的地方，舱内除为航天员提供食品、饮用水和大小便收集器等生活装置外，还安装了大量的空间试验装置和仪器设备。轨道舱外部两侧有两个像鸟儿翅膀一样的太阳能电池翼，提供轨道舱运行所需要的电能。神舟七号飞船的轨道舱取消了以往飞船的留轨功能，增加了气闸舱功能和航天员生活舱功能。
轨道舱内壁布置的设备有：排气泄压组件、磁力矩器、轨道舱照明灯等。轨道舱的结构由前锥段、圆柱段、后锥段以及舱内三层仪器安装板组成。仪器安装板上布置有GNC分系统、环控与生保分系统、电源分系统、测控与通信分系统、乘员分系统、有效载荷分系统和供配电设备。这些设备既满足轨道舱作为航天员在轨飞行期间的生活舱的要求又满足轨道舱留轨利用的要求。
轨道舱上Ⅰ象限线附近有一个圆形的舱门，用于航天员进出轨道舱。在发射前航天员先进入运载火箭的整流罩舱门，再由轨道舱舱门进入轨道舱，最后由安装在返回舱上位于轨道舱和返回舱之间的舱门进入到返回舱，再坐在指定的座椅上。在航天员在轨道上出舱活动时，将轨道舱作为“气闸舱”并从轨道舱舱门出舱，进入宇宙空间。
（2）返回舱的布局
返回舱外部的布置有伞舱盖和稳定翼片、推进分系统的发动机、天线、舷窗和光学瞄准镜、分离密封板、γ高度计、着陆反推发动机。
供返回舱下降过程中减速的降落伞有主份伞和备份伞各一套。两套降落伞对称布置于与Ⅲ象限线成±36°位置上。主伞舱和备份伞舱各有一个稳定翼片与伞舱盖连成一个整体。返回舱推进舱子系统共配置了8台发动机，其中两台用于俯仰运动控制，两台用于偏航运动控制，4台（主份和备份各两台）用于滚动运动控制。
返回舱钟罩部分内部布置有三个座椅。座椅周围的设备有：仪表板、侧壁的摄像机、照明灯、排气调压组件、回收着陆分系统的气瓶。返回舱座椅下面的大底区域是主要设备安装区包括电源和供配电设备、制导导航和控制、测控与通信、数据管理、环控与生保、热控、推进、乘员等分系统的设备。
（3）推进舱布局
推进舱内垂直于纵轴方向布置了多个用于安装仪器的圆盘形结构；飞船推进舱内的热控、推进、电源、测控与通信、数据管理分系统及供配电的一些设备安装在该圆盘形结构上。
（4）附加段布局
附加段的设备均为有效载荷分系统的设备。这些设备对于不同次的飞行试验可以有所改变。
神舟系列飞船由结构与机构、制导导航与控制、热控、电源、测控与通信、数据管理、着陆回收、环境控制与生命保障、推进、仪表照明、应急救生、乘员、有效载荷共13个分系统组成。