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（一）普圆净院
永福寺在吴越国时期又名普圆寺，现因该院落主殿为观音宝殿，表净土法门，故名普圆净院。该院内左首建筑为客堂，主要负责僧众和信众接待工作，也是寺院日常工作及佛事活动的主要场所。
观音宝殿抱柱楹联：
息心皈礼，戒定慧三学齐备；
合掌称名，闻思修一味圆通。
客堂抱柱楹联：幻心每遇尘嚣起，真性常随云水闲。
（二）迦陵讲院
该院落主要殿堂为梵籁堂，兼做法堂及佛教音乐厅两用，为永福寺佛法宣流地；犹如西方极乐世界的迦陵频伽神鸟，故名迦陵讲院。该院内侧建筑为文景阁，为佛教书法绘画艺术的活动场所；下首为艺明斋，供流通阅览佛教文化艺术图书及作品之用。
梵籁堂匾额：“梵籁流觞”、“曼陀花雨”；
堂外抱柱楹联：龙涧风回，万壑松涛连海气；
鹫峰云敛，千年桂月印湖光。
文景阁匾额：“云山桂隐”、“宝树流禽”；
阁外抱柱楹联：身比闲云，月影曦光堪见性；
心同流水，松风竹色共忘机。
福泉茶寮楹联：汲来泉水烹龙井，阅尽青山成画屏。
（三） 福泉禅院
永福寺内有金沙，白沙二泉，明代有福泉亭建于院内，该院格外幽静，颇通禅理，故名福泉禅院。
该院正面建筑为藏经楼，楼下一层为会客厅，侧面建筑为祖师纪念堂，名为“阔堂”，乃心越禅师师父大文禅师之号。
福泉禅院门外楹联（康熙皇帝御题）：
竹怜新雨后，山爱夕阳时。
会客厅外抱柱楹联（东皋心越禅师拟）：
细水浮云归别海，远山终日道余霞。
厅内另有心越禅师亲书匾额：梅月和风淡。
阔堂外抱柱楹联：
四山滴翠环福地，一路听泉到祖堂。
（四）资严慧院
永福寺后山古名资严山，吴越时以山名寺，故名这严寺。今该院光明畅达，堪表智慧，故名资严慧院。
院内主建筑为大雄宝殿，内奉本师释迦牟尼佛及迦叶，阿难二尊者铜像。前方建筑为福星阁，供奉福神等护法诸神。
资严慧院门外抱柱楹联：
天香涵竹气，地韵揽湖光。
大雄宝殿外抱柱楹联有二幅：
造物本无私，移来岚外烟云，适开胜境；
会心原不远，论此眼前山水，曾遇先贤。
春湖团翠，宝俶霞飞，一幅人间图画；
秋月低圆，云林府隐，几分天上风光。
福星阁外抱柱楹联：
峦岫绕成清净界，石级循入德福门。
南朝刘宋元嘉年间（公元424—453年），有慧琳禅师继慧理开山后筑庵于石笋峰下。
后晋天福二年（937年），吴越王钱元瓘于石笋峰下建晋圆院，又与山同名为资严寺。
北宋大中祥符元年（1008年），敕改额为永福寺。
北宋熙宁年间（1068—1077），郡守祖无择爱石笋之胜，乃于寺旁建庵，名邺公庵。
北宋时期，永福寺内方丈四壁多有赵阅道、苏东坡、秦少游等人的留题与竹画。
南宋咸亨年间（1265—1274），
宋度宗之母隆国夫人据永福寺为香火院，并斥资扩建，宏规巧构，丹矆相辉，碧光琉璃瓦覆盖于顶。逝后以寺超然台为葬，移寺于西，自此一寺两院。
元至元年间（1335—1340），清凉山僧人正宗卓锡东院，因其常衣白衲，人称白衲庵。
明成化二年（1466），僧人古香于上院建海日楼。后于弘治年间（1488—1505），寺被洪水
淹废。
明万历年间（1572—1620），寺得复兴，由徐宏基题额为“永福禅林”。
清顺治年间（1644—1661），僧静昭驻锡复兴。
清康熙十年（1671），
东皋心越禅师移住永福，五年后，应邀东渡日本，弘传曹洞宗并创寿昌派禅法，同时传授琴学与书画篆刻艺术，在日本佛教及艺术界均享有盛誉。永福寺随后渐废。
清乾隆四十四年（1779）年，永福寺依原有规模重建，后又渐废。
二00一年根据杭州市政府90号专题会议纪要精神，由杭州市佛教协会恢复重建并于二00三六月正式动工。
二00三年，根据杭州市佛教协会三届四十七次常务理事会通过，由月真法师任永福寺监院。
二00五四月二十二日，经浙江省民宗委批准，恢复永福寺为宗教活动场所，即将正式对外开放。