（一）净额清算清算机构根据在一定时点(通常为营业日结束时)上收到的各清算参加者的转账金额总数减去发出的转账金额总数，得出净余额(贷方或借方)，即净结算头寸，并利用中央银行提供的净额清算服务进行净额头寸的转移划拨，完成最终清算，在整个营业日内，参加清算的所有净债权银行实际上向所有净债务银行提供了日间信贷，从而产生了信用风险和流动性风险隐患，净额清算系统具有设计和应用上的缺陷。
（二）净额清算系统
二、全额清算和实时全额清算系统
（一）全额清算系统的运行模式
全额清算分为定时(延时)清算和实时(连续)清算两种运行模式。
（二）实时全额清算系统的运行原理
实时全额清算系统(RTGS)是全额清算中的最优模式。RTGS系统的四种支付信息发送和资金清算流程，V型结构、Y型结构、L型结构和T型结构，在支付信息传送和资金清算方面各有不同的特点。
在RTGS运行过程中，如若某发出支付指令的付款行存放于中央银行账户中的资金头寸不足以完成支付时，将按照内部排队法或集中排队法处理。在处理排队支付指令的付款排序时，多数国家的RTGS系统实行“先进先出”法，有些国家采取“绕道搜索法”，还有些国家设计了“优先级”安排程序。