【教程】简易的arlequin进行DNA序列的Amova分析教程

简易的arlequin进行DNA序列的Amova分析教程
需要软件：
Mega, DNAsp, arlequin
可选：notepad（可用记事本代替）
1，序列比对
用mega打开.fas格式的序列，进行比对(muscle)。完成后，在mega比对结果页面data->export alignment->fasta format，把结果另存到一个地方（另存的地方，所有路径名最好没有中文也没有空格。
2，haptype的提取
打开DNAsp，file->open data file，
对序列进行分组：data->define sequence sets，在新出现的页面：

在左侧选中序列，点向右的>>把序列添加到右侧。
对于每一个居群，把它所有的序列都挑到右侧之后，点add new sequence set，在新弹出的窗口输入居群名。
所有居群都定义好了之后，点击updata all entries, 然后关闭窗口。
然后file->save/export data file as->arlequin format, 最后会存两个文件，一个.hap格式，一个.arp格式。