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从此尉迟恭请智满高僧为住持。而历史上奉圣寺屡经战乱兴废多次。
金贞佑年间1213年，蒙古兵攻太原，奉圣寺毁于战火。元代由高僧洪智重建，历经希公、深公、一公、间公、浅公、浩公、杲公、昌公、惠公、喜公等十一代禅师，千百年香火未断。元至正十八年（1358）遭火灾，明洪武二十四年，永乐十年由圆觉禅师二次重建。
1950年，占据奉圣寺的一所疗养院以寺庙残破，不是文物为由，强行拆除了寺院的全部建筑，山西省曾就此事通令全省从此事中吸取教训，保护文物。
八十年代初，在老市长岳维幡的提议下，将几座不同地域、不同时期、不同风格的古建筑迁建于奉圣寺原址重建寺庙。
现存奉圣寺中轴线大雄宝殿，由太原东山马庄芳林寺迁来， 过殿,由汾阳二郎庙迁来，山门，原名景清门，是晋祠早期的山门。这些来自于寺、 庙、 祠的建筑，组合起来，成为了今天的奉圣寺。属于晋祠内比较特殊的建筑，塑像则为仿唐风格，由山西省著名雕塑家雕塑而成。