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“沙耶”在寻找失踪的“父亲”奥涯时在医院与郁纪相遇。她在郁纪眼中是个身着白色连衣裙的清纯少女，带着腹黑的坏笑，脑后两缕头发翅膀一样张开。然而，实际上却是通过“银之键”从异世界召唤来的神秘生物。本体的形态是触手加肉团组成的近似于植物性的生物。
游戏通篇都在“正常”与“非正常”的人类生活中切换，地狱之门的一侧是绿意盎然的街道、温馨的家、昔日的朋友，而另一侧，则是蠕动的肉块、尖利刺耳的“人语”、人类内脏一般肮脏恐怖的家。究竟哪个才是“真实”的？杀掉怪物、人类的恋情和友情、融洽的邻里关系……对比异类之间至死不渝的爱，杀“人”，吃“人” ……哪一个才是对的？我们总在坚信我们看到的一切，我们习惯的一切，美化着一切我们认为“美”的东西，给我们生活着的生活施以无比绚丽而和谐的色彩，然而，“现实”生活中被“正常人”绝对不能接受，甚至认为恐怖的男主人公郁纪的卧室，那个被沙耶精心粉刷的卧室，在郁纪和沙耶眼中却是那么的美，因为那是他们唯一的栖身之所，在小屋里，他们彼此都认为对方是那么完美，然而，走出这里，外面充斥的全是危险、恐怖和不能融入社会的孤独。
结局一
沙耶得知郁纪真心想回到原来的生活后，在夜里，把郁纪的大脑再改造，第二天郁纪醒来，感官完全恢复了正常，而沙耶却消失了。然而警察很快就察觉到的这间小屋的异常，并发现了邻居画家三人和青海的“尸体”，于是在不知真相的情况下，以杀害4人的并患有精神病将郁纪收监。
在监狱中的郁纪回想着与沙耶的一切，到了某个深夜，监房门外传来了“某些东西”爬行着的声音。郁纪知道了那是沙耶。获得正常感官的郁纪当然无法认识沙耶的说话了，他们被监房门所隔，郁纪也无法看到沙耶的真面目。
“沙耶是你嘛？”
从门缝处，沙耶伸入一部手机，用文字记录着“现在你一定认不出我的声音了……”
“没关系，我只想再听到你的声音，再见到你。”
手机再次递入“我已经不是你记忆中的沙耶了，请原谅我……”
……
“我爱你”郁纪没有开口，只是微笑着把这三个字键入手机，递回去。
门的外面，是沙耶颤抖的声音，沙耶在无声的哭泣……其实沙耶是知道郁纪的爱，但也知道郁纪的本意是想恢复正常的感官。两者不可能同时做到啊，两人在一起，要得到幸福实在太渺茫了……事到如今，沙耶决定了要独自去寻找她的“父亲”，他们，就在这分别了。而郁纪，在监房里面，一直等待着沙耶回来，一直一直……
结局二
全灭结局里，为了寻找奥涯失踪真相的医生凉子发现了奥涯的研究笔记，伙同郁纪原来的好友耕司对沙耶和郁纪发起最终决战。郁纪在与耕司打斗时，沙耶从耕司的背后纠缠住耕司，而同时在就伺机待发的凉子趁机用冷冻剂加霰弹枪重创了沙耶，虽然凉子被愤怒的郁纪用利斧劈死，但沙耶却永远离他而去。绝望的郁纪挥斧自尽。残存一口气的沙耶在体液不停喷涌中伸出触手，与郁纪携手死去……而郁纪原来的好友耕司也因为没有听从凉子的劝告在整件事情之后精神上受到重创，饱受精神折磨的他最终选择了自杀……
结局三
孢子花开结局，最终战消灭了全部敌人，沙耶可以和郁纪悄悄地活下去了。为了郁纪，沙耶化作了无数的孢子，播撒到世界各处，为郁纪创造了一个能让郁纪感觉到幸福的世界……凄婉而悲惨的最终结局，人类被感染，被孢子感染为和沙耶同类的生物。侥幸存活的凉子也没能避免感染，在自知不久之后将变为“异类生物”的情况之下，用自嘲的口吻记录了人类最终的结局。