新浪博客

structure画图--不同K的情况下

2020-08-27 15:04阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/1959508200

第一步：格式转换
vcftols --vcf sample.vcf --plink --out sample
plink --file sample --chr-set 20 --noweb --make-bed --out sample
第二步：Q矩阵和画图
for i in 2 3 4 5 6 7 8 ;do python structure.py -K $i --input sample --output sample --full --seed=100;done
（1）For i in 2 3 4 5 6 7 8;python distruct.py -K $i --input=sample --title='' --output=$i.structure.svg;done
（2）http://omicsspeaks.com/strplot2/网页版，但是输入必须是csv格式
（3）clumpak.t
au.ac.il/CLUMPAK网页版
（4）R语言：barplot(t(as.matrix(tbl)),col=c('green','red','blue','cyan','yellow'),axes = F,border = NA,space = 0);
（5）R语言：library(pophelper)

第三步：最佳K值选择
python chooseK.py --input=sample > chooseK.out
但是，问题来了……
在画不同K值的图的时候发现不同K值对应的群体颜色不一致，以及群体的顺序也不样，原因在于画图的时候图层的顺序不一样，导致你即使规定的颜色的顺序画出来的也不一致。
好吧！网上找了很多但都没找到解决办法，看看我是怎么解决的
方法1：
用R自己画，根据图片的颜色来调整颜色的顺序
tbl = read.table('5.txt');
png(filename='5.png',width=1200,heigh=300)
barplot(t(as.matrix(tbl)),col=c('green','red','blue','cyan','yellow'),axes = F,border = NA,space = 0);
dev.off()
方法二：
excel画，只导入之前需要对Q矩阵根据beast key对群体进行排序，然后调整颜色和大小；

我的更多文章

下载客户端阅读体验更佳

APP专享