金门朱子祠，立于1687年，本来是设于浯江书院内，后因为书院原址被征收为县丞署，在当地仕绅的倡议下，特别在西侧的义学原址，重新辟建为书院及朱子祠。
朱子祠为三开间之歇山重檐建筑，四周有檐廊，前有月台伸出，供接诏行礼之用，简朴庄严。现范围内有1838年的“浯江书院膏火碑记”、“捐克膏火芳名录”，以及大门上方悬有汉学大师钱穆所题之“朱子祠”匾额，为祠堂内珍贵文物。正殿有朱熹牌位，并有朱熹雕像还原其讲学之姿。
金门之所有有朱子信仰，相传在宋绍兴23年、西元1153年间，朱熹担任同安县主簿，任内曾多次到金门视学，影响金门文风甚大，因此金门人特别在浯江书院内建祠专祀。
根据祠堂内展示的朱熹资料指出，朱熹在同安主簿任内，泉州府下令他寻访收集境内先贤碑碣事传；他到金门寻访先贤陈渊事迹；“金门县志”也记载朱熹在金门太文山下设帐讲学。推论当时朱熹年约22、23岁，金门与厦门摇橹半小时左右即可到达，普遍相信朱熹到过金门。
金门县府每年还会举办朱子冥诞祭典，县长陈福海曾表示，朱熹是连结两岸文风的纽带，视金门的独特信仰，两岸一定要将这文化连结起来。