软件介绍:
prodigal的全称是Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm,原核的动态编程基因查找算法,prodigal主要应用于细菌和古生菌的基因预测,不能用于真核生物,如果要对meta样品做基因预测,prodigal还专门提供了meta的版本。 除此之外,prodigal还支持在线提交序列的方式来预测基因预测。也非常的易于使用。而且相对与glimmer基因预测工具,prodigal更加好用,只需一步即可,而且,软件可以直接输出基因的核酸序列并翻译出的相应的氨基酸序列,这对很多初学者来说是非常方便的。
下载安装:
首先从prodigal网站下载安装包,无需注册直接下载即可,最新的版本为2.6.1。
https://codeload.github.com/hyattpd/Prodigal/tar.gz/v2.60
上面提供了windows、mac OS和linux版本,而且有源码和编译好的可供选择,非常方便。这里面我们直接下载源码进行编译。
使用tar -zxvf 命令进行解压所,加压缩之后,进入解压缩的目录,
我们看到里面有README文件,readme文件中有软件的介绍,和一些使用的案例,还有就是如何编译,只要敲make install 就可以进行编译。
敲make install命令进行编译。编译需要等待一段时间,
prodigal没有太多的依赖关系,安装
prodigal的全称是Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm,原核的动态编程基因查找算法,prodigal主要应用于细菌和古生菌的基因预测,不能用于真核生物,如果要对meta样品做基因预测,prodigal还专门提供了meta的版本。 除此之外,prodigal还支持在线提交序列的方式来预测基因预测。也非常的易于使用。而且相对与glimmer基因预测工具,prodigal更加好用,只需一步即可,而且,软件可以直接输出基因的核酸序列并翻译出的相应的氨基酸序列,这对很多初学者来说是非常方便的。
下载安装:
首先从prodigal网站下载安装包,无需注册直接下载即可,最新的版本为2.6.1。
https://codeload.github.com/hyattpd/Prodigal/tar.gz/v2.60
上面提供了windows、mac OS和linux版本,而且有源码和编译好的可供选择,非常方便。这里面我们直接下载源码进行编译。
使用tar -zxvf 命令进行解压所,加压缩之后,进入解压缩的目录,
我们看到里面有README文件,readme文件中有软件的介绍,和一些使用的案例,还有就是如何编译,只要敲make install 就可以进行编译。
敲make install命令进行编译。编译需要等待一段时间,
prodigal没有太多的依赖关系,安装
