手工皂的清洁能力是藉由表面活性作用达到清洁目的，表面活性剂的表面活性源于其分子具有两亲性质，依其结构方式可分为一端带电荷具亲水性的COO-
原子团，称为亲水端，另一端为亲油性长碳链烷基的亲油端。当肥皂分子进入水中时，会因降低了水的表面张力而使长碳炼的疏水端接触到油污，具有长碳链的亲油端因极性关系，所以能溶入油污中并吸附油污，这样的结合作用经物理搅动搓揉后让油污形成较小的油滴，吸附小油滴之后的皂分子会因带电荷的COO-
亲水端作用而接附于水，极性相同的长碳炼疏水端会因排斥水而聚集，所以形成水包油的型态，如此就不容易让小油滴重新聚在一起成大油污并将油污悬浮于水中。这种以疏水端聚结防止和水作用，而亲水端在表面和水接触的两亲作用，使肥皂轻易的达到清洁的作用。
