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进得山门，迎面而立的便是智化门。智化门又称天王殿，黑琉璃筒单檐瓦歇山顶，面阔三间，进深两间，通面宽13米，进深7.8米，单昂三踩斗栱，南北均为障日板壸门式门楣，南面门楣上悬华带匾“智化门”。殿前有石碑两座，殿内原有弥勒、韦陀、金刚等塑像，现已无存。
目前智化寺中轴线上的主体建筑保存完整，共四进殿宇，堪称北京市内最完整的明代木结构建筑群。这里又是一处汇集造像、佛经、壁画、音乐等佛教艺术的禅林净土，1961年智化寺被定为第一批全国重点文物保护单位。
请看珍贵的历史摄影，新中国成立之前与之后智化寺的外观变化是多么大啊。让我们铭记历史，倍加珍重珍爱今天的美好和昌盛吧！
山门之内为钟鼓楼，分列东西，形制相同，黑琉璃筒瓦歇山顶，面阔、进深均为7.1米，下层为拱券门，单昂三踩斗栱，上层四壁为木障日板，四出门，单昂三踩斗栱。
智化寺主要建筑自山门内依次为钟鼓楼、智化门、智化殿及东西配殿（大智殿、藏殿）、如来殿、大悲堂等。寺内主要建筑物的屋瓦用黑色琉漓脊兽铺砌，虽经历代多次修葺，梁架、斗拱、彩画等仍保持明代早期特征。
智化殿面南朝北，是智化寺的正殿，相当于一般寺院的大雄宝殿。殿内正中和两山以前供有汉白玉石须弥座，中央供奉释迦牟尼佛，阿弥陀佛、药师佛，两边供奉十八罗汉坐像，均为木质漆金，惜现已无存。1972年三世佛移往西山大觉寺，亦陈列大雄宝殿内，该殿悬乾隆御笔匾额“无去来处”，细细想来，这或是历史的巧合，或是乾隆皇帝的灵感，亦或是佛法的无形无际，令人回味无穷。
智化寺的彩绘和雕塑艺术不仅表现出强烈的宗教色彩（如转轮藏），又带有浓重的世俗社会气息。
藏殿坛城藻井堪称稀世异珍，造型上圆下方，其上彩绘佛像栩栩如生，祥云莲瓣若动似静，美不胜收，令人浮想遨游！
在智化殿后，是中轴线上最大的建筑，殿内供奉如来本尊像，因此得名如来殿；殿为上下两层，四面墙壁上除有门窗地方饰满佛龛，龛内置小漆金佛造像，相传有九千余尊，因此又得名万佛阁。
万佛阁是智化寺的最高处，从远处的山门、钟鼓楼，到近处智化殿、万佛阁，所有殿堂的屋顶全部辅装黑色的琉璃瓦，象征着神圣和庄严、权势和高贵，皇家寺院、敕建寺院主要使用黑琉璃瓦，只有官窑才可以烧造。黑色琉璃瓦屋顶，正好与“智化”寺名相对应，前者以风降恶魔，后者以智度化众生。
如今每日上下午定时准点在智化殿内，由几位传承乐师演奏智化寺京音乐。
智化寺乐僧使用的乐器，是与一般吹鼓手的不同，多为自己定制，笛音比一般曲笛要高；管沿袭宋制，仍九孔；笙是定做拾柒个全簧，与唐宋时流传的簧乐乐音恰好相符。智化寺云锣又称九音锣，为明成化年间制作，音色醇美，称得上是一件地地道道的文物。
明代初年规定，佛教寺院分为禅、讲、教三类，要求僧众分别专业修行佛法。智化寺属于禅寺，局临济宗门下，禅僧地位高于乐僧。当时乐僧只收13岁以下小孩做门徒，入寺之后，要学习七年音乐，直至演奏得韵真声满，字正腔圆，才算合格。经过严格训练的乐僧使智化寺音乐得似较为完整地流传到今天。
1446年传入智化寺的佛乐，曲调空灵神秘，古朴典雅，大部分曲牌与明永乐二年（1404年）编成的《诸佛世尊如来菩萨尊者名称歌曲》相同。
《梵音缥缈》
湖泊高悬于古都之上
淘洗一净的雪片
在了无印痕的澄碧中
迷失归途 突见七只鸽子
乳白或银灰的翅翎
画出涟漪 湖泊缥缈着扭动了
惊绢裂帛的乐声
系于鸽翎云霭样腾起
建国门林立的楼厦
瞬间萦绕某种遥远与空灵
梵音由苍白得透明
虔诚得颤抖的手指捧着
笙箫管弦端如袈裟中的殿堂
智化寺音乐 大规模流经
八角转轮藏
藏殿顶惟一的藻井
流经三米高的明代壁画
吹动转轮藏八面
每面四十五尊鎏金佛像
顶中的金翅大鹏开始仰天长啸
藻井的莲瓣徐徐而舞
七字真言在卷云间
蓬勃绽放 大千世界不知何方
壁画旋起明时的清音脆响
七彩珠宝璎珞吟唱
花冠于星光与祥云间徜徉
地藏菩萨
美目凝神 粉面端丽
任由梵音牵引 缓缓前行
进入
在你的掌心普度
香火袅娜
梵音缥缈
祈福的红绸燃成硕大火焰
一个时辰在智化寺
灵魂浸泡乐声
神驰天外
听吧，演奏开始啦！智化寺京音乐是明清时期流传于北京地区的民间笙管乐，源自明代宫廷，经智化寺艺僧按代传承，曲调古朴典雅，悠扬深沉，艺术欣赏价值与学术研究价值极高。
智化寺京音乐集宫廷音乐、佛教音乐与民间音乐于一体，被美誉为中国古代音乐“活化石”。2006年6月智化寺京音乐被文化部列入首批国家级非物质文化遗产名录。
1992年北京文博交流馆在智化寺成立，旨在为北京地区博物馆与博物馆、与公众之间提供文化交流的平台，古老的智化寺被赋予了新的历史使命。