(一)研发费用范围的限制
高新技术企业研发支出种类较多， 而加计扣除政策文件对允许加计扣除的研发费用范围限制得比较严格， 许多不在规定范围内的研发费用无法享受加计扣除优惠。尤其体现在人员人工费用上，高企认定政策规定研发人员的年终加薪、加班工资以及与其任职或者受雇有关的其他支出（如为在职研发人员缴纳的社会保险费、住房公积金及外聘研发人员的劳务费用），均可以列入研发费用，而这些不能加计扣除。其中四金所占应付工资的比例很高，大概在30%-40%左右，这对于软件、信息行业影响最大。由于这些企业固定资产的投入比较有限，而人员投入较多，人工费用占管理费用的比例可高达60%-70%。可加计扣除的研发费较窄的口径要求导致企业很多发生的研发费用无法列入到加计扣除研发费用中，从而影响了其享受加计扣除政策的积极性。
(二)委托开发项目对于委托方研发投入申报明细的限制
高企认定政策中企业委托外部研究开发费用的发生金额应按照独立交易原则确定。认定过程中， 按照委托外部研究开发费用发生额的80％计入研发费用总额。而加计扣除政策要求受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，由委托方按照规定计算加计扣除，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。此项规定给以委托开发项目为主的企业， 或研发项目中有委托开发形式的企业带来了不便。例如上海某通讯公司，申报项目中有一部分是委外项目，由于加计扣除政策对委托开发费有特殊的要求，需要一份确认函及受托方的费用明细。这对采购人员就造成了一定的难度，因为受托方知道委托方能享受加计扣除政策后，要求重新谈价格。即使受托方财务部门人员提供了费用明细，委托方也无法确认提供的数据的真实性。所以，该公司的第三方委托无法进行。
(三)研发费用归集要求更加细化
由高新技术企业认定的研发费用与可加计扣除研发费用的归集
高新技术企业研发支出种类较多， 而加计扣除政策文件对允许加计扣除的研发费用范围限制得比较严格， 许多不在规定范围内的研发费用无法享受加计扣除优惠。尤其体现在人员人工费用上，高企认定政策规定研发人员的年终加薪、加班工资以及与其任职或者受雇有关的其他支出（如为在职研发人员缴纳的社会保险费、住房公积金及外聘研发人员的劳务费用），均可以列入研发费用，而这些不能加计扣除。其中四金所占应付工资的比例很高，大概在30%-40%左右，这对于软件、信息行业影响最大。由于这些企业固定资产的投入比较有限，而人员投入较多，人工费用占管理费用的比例可高达60%-70%。可加计扣除的研发费较窄的口径要求导致企业很多发生的研发费用无法列入到加计扣除研发费用中，从而影响了其享受加计扣除政策的积极性。
(二)委托开发项目对于委托方研发投入申报明细的限制
高企认定政策中企业委托外部研究开发费用的发生金额应按照独立交易原则确定。认定过程中， 按照委托外部研究开发费用发生额的80％计入研发费用总额。而加计扣除政策要求受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，由委托方按照规定计算加计扣除，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。此项规定给以委托开发项目为主的企业， 或研发项目中有委托开发形式的企业带来了不便。例如上海某通讯公司，申报项目中有一部分是委外项目，由于加计扣除政策对委托开发费有特殊的要求，需要一份确认函及受托方的费用明细。这对采购人员就造成了一定的难度，因为受托方知道委托方能享受加计扣除政策后，要求重新谈价格。即使受托方财务部门人员提供了费用明细，委托方也无法确认提供的数据的真实性。所以，该公司的第三方委托无法进行。
(三)研发费用归集要求更加细化
由高新技术企业认定的研发费用与可加计扣除研发费用的归集