目前，蜥蜴亚目共分为6下目，37科,531属，共计6040个物种（截止2014年12月1日）
一.
共分为14个科
1.Agamidae 鬣蜥科：分为6个亚科，共计56属448
一.
共分为14个科
1.Agamidae 鬣蜥科：分为6个亚科，共计56属448
新浪博客
种
—Agaminae 鬣蜥亚科 11属123种
—Amphibolurinae 髭蜥亚科 14属100种
—Draconinae 飞蜥亚科 27属195种
—Hydrosaurinae 海蜥亚科 1属3种
—Leiolepidinae 蜡皮蜥亚科 1属9种
—Uromastycinae 刺尾蜥亚科 2属18种
2.Chamaeleonidae 避役科：共计12属200种
曾经的美洲鬣蜥科拆分成以下12个科：
3.Corytophanidae 海帆蜥科：3属9种
4.Crotaphytidae 项圈蜥科：共计2属12种
5.Dactyloidae 安乐蜥科：共计1属395种
6.Hoplocercidae 荆尾蜥科：共计3属16种
7.Iguanidae 美洲鬣蜥科：共计8属42种
8.Leiocephalidae 卷尾鬣蜥科：共计1属29种
9.Leiosauridae 平鳞蜥科：共计6属33种
10.Liolaemidae 平咽蜥科：共计3属288种
11.Opluridae 盾尾蜥科：共计2属7种
12.Phrynosomatidae 角蜥科：分为2个亚科，共计9属148种
—Phrynosomatinae 角蜥亚科 5属31种
—Sceloporinae 强棱蜥亚科 4属117种
13.Polychrotidae 四鳞爪蜥科：共计1属7种
14.Tropiduridae 嵴尾蜥科：共计8属125种
二.
共分为7个科
15.Gekkonidae 壁虎科：共计53属1022种
16.Carphodactylidae 藁趾虎科：共计7属30种
17.Diplodactylidae 澳虎科：共计25属128种
18.Eublepharidae 睑虎科：共计6属3种
19.Phyllodactylidae 叶趾虎科：共计10属134种
20.Sphaerodactylidae 球趾虎科：共计13属209种
原本的壁虎科拆分成以上6科
21.Pygopodidae 鳞脚蜥科：共计7属44种
三.
共分为7个科
曾经的非洲蜥蜴科拆分成以下2个科
22.Cordylidae 环尾蜥科：共计10属66种
23.Gerrhosauridae 板蜥科：共计7属37种
曾经的美洲蜥蜴科拆分成以下2个科
24.Gymnophthalmidae 裸眼蜥科：分为5个亚科，共计45属244种（Pantepuisaurus、Kaieteurosaurus、Adercosaurus这3个单型属未分入亚科）
—Alopoglossinae 狐舌蜥亚科 2属22种
—Cercosaurinae 梭蜥亚科 15属150种
—Ecpleopinae 全肢蜥亚科 7属34种
—Gymnophthalminae 裸眼蜥亚科 17属36种
—Rhachisaurinae 刺蜥亚科 1属1种
—Agaminae 鬣蜥亚科 11属123种
—Amphibolurinae 髭蜥亚科 14属100种
—Draconinae 飞蜥亚科 27属195种
—Hydrosaurinae 海蜥亚科 1属3种
—Leiolepidinae 蜡皮蜥亚科 1属9种
—Uromastycinae 刺尾蜥亚科 2属18种
2.Chamaeleonidae 避役科：共计12属200种
曾经的美洲鬣蜥科拆分成以下12个科：
3.Corytophanidae 海帆蜥科：3属9种
4.Crotaphytidae 项圈蜥科：共计2属12种
5.Dactyloidae 安乐蜥科：共计1属395种
6.Hoplocercidae 荆尾蜥科：共计3属16种
7.Iguanidae 美洲鬣蜥科：共计8属42种
8.Leiocephalidae 卷尾鬣蜥科：共计1属29种
9.Leiosauridae 平鳞蜥科：共计6属33种
10.Liolaemidae 平咽蜥科：共计3属288种
11.Opluridae 盾尾蜥科：共计2属7种
12.Phrynosomatidae 角蜥科：分为2个亚科，共计9属148种
—Phrynosomatinae 角蜥亚科 5属31种
—Sceloporinae 强棱蜥亚科 4属117种
13.Polychrotidae 四鳞爪蜥科：共计1属7种
14.Tropiduridae 嵴尾蜥科：共计8属125种
二.
共分为7个科
15.Gekkonidae 壁虎科：共计53属1022种
16.Carphodactylidae 藁趾虎科：共计7属30种
17.Diplodactylidae 澳虎科：共计25属128种
18.Eublepharidae 睑虎科：共计6属3种
19.Phyllodactylidae 叶趾虎科：共计10属134种
20.Sphaerodactylidae 球趾虎科：共计13属209种
原本的壁虎科拆分成以上6科
21.Pygopodidae 鳞脚蜥科：共计7属44种
三.
共分为7个科
曾经的非洲蜥蜴科拆分成以下2个科
22.Cordylidae 环尾蜥科：共计10属66种
23.Gerrhosauridae 板蜥科：共计7属37种
曾经的美洲蜥蜴科拆分成以下2个科
24.Gymnophthalmidae 裸眼蜥科：分为5个亚科，共计45属244种（Pantepuisaurus、Kaieteurosaurus、Adercosaurus这3个单型属未分入亚科）
—Alopoglossinae 狐舌蜥亚科 2属22种
—Cercosaurinae 梭蜥亚科 15属150种
—Ecpleopinae 全肢蜥亚科 7属34种
—Gymnophthalminae 裸眼蜥亚科 17属36种
—Rhachisaurinae 刺蜥亚科 1属1种