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福泉古寺始建于元至正二年（1342），初名“甘霖院”，有大殿及两厢，因殿后偏东位置有一眼早于建寺开凿的“福泉井”，故后来寺院改名为福泉寺，意喻“善福之源泉”。福泉古寺山门双檐黄瓦黄墙，中央寺匾为“福泉古寺”，中门两侧楹联“盘曲种灵根七百年犹留银杏；庄严瞻妙相三千界普现金莲”，外侧仍保留原门联“四朝古树、二代洪钟”。山门背面斜对千年宋银杏，中匾为“同圆种智”，对联为“千年银杏证道性，菩提万世悟禅机”。
福泉古寺历史上几经损毁，明嘉靖年间，由于寺院地处东海沿岸，古寺毁于倭乱。明万历元年（1573）重建。清乾隆四十六年（1781）再建大殿，其后嘉庆、道光年间均续修。清同治元年（1862）寺毁，仅存明隆庆五年（1571）所铸古钟一口，后复建。建国后，寺内比丘尼陆续还俗，“文革”中佛像遭毁，房屋被移作他用。1978-1993年，寺产陆续归还福泉古寺使用，1997年改为僧寺，同时修复并开放。1998年新建大雄宝殿、山门、寮房等建筑。1999年重新登记为佛教寺院。2002年新建玉佛楼。2010年再次全面整修，改山门由西向为南向，重修山门、三层天王殿，左右厢房等仿古建筑，使福泉古寺焕然一新，复兴重光。
福泉古寺镇寺三宝之隆庆钟高1.62米，周长3.4米，重1600公斤，上有竖版“佛日增辉”“法轮常转”“皇图永固”三行大字，钟铭为“大明隆庆五年岁次辛未六月二十五乙卯吉日无锡县铸户梅应麒同男梅景阳铸造”，1981年南汇县以古钟为名建古钟园，并特设钟亭。
古寺天王殿前原有宋植古银杏两株，现东侧一株尚存，并生长有千年，成为上海古树名木一级保护的0002号，为上海现存8株千年古银杏之一。