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1997年，“巴拿马城考古遗址及巴拿马历史城区（Archaeological Site of Panamá Viejo and Historic District of Panamá）”被联合国教科文组织批准作为文化遗产列入《世界遗产名录》。其由古城、旧城和新城三个部分组成，深植古老印第安文化的根基，曾是西班牙殖民者征服南美洲的前哨，经历漫长的西班牙殖民文化，穿越历史从林而来，成为素有“太平洋皇后”之称的巴拿马城的历史见证。
圣多明各修道院（Convento de Santo Domingo, Arco Chato）废墟，是巴拿马最具纪念性的殖民地古建筑之一，由教堂、修道院及附属小教堂组成，砖石结构的平坦拱门是现存最完整的一部分古迹平拱（Arco Chato）。1756年的大火烧毁了修道院所有的木结构，只有部分砖墙以及这个拱门得以幸存。平拱门宽约15米，高达10.5米，在没有任何金属结构支撑的情况下屹立了近三百年。
耶稣陪伴教堂（Iglesia de La Compania de Jesus）是整个老城最出名的废墟，由教堂和修道院组成。1749 年在这里建立了巴拿马第一所大学--圣哈维尔皇家和教皇大学（La Real y Pontificia Universidad de San Javier），运营18年，毁于火灾和地震。
1501年，西班牙探险家罗德里格斯•巴斯提达斯发现巴拿马地峡，于是，这里成为欧洲人在太平洋海岸建立的第一个居民点。1519年，西班牙人帕卓若斯•戴勒在一个印第安小渔村建起最初的“老巴拿马城（Panamá Viejo）”。城市以直线网状布局，表现出欧洲城镇规划的概念。从此，巴拿马地峡特别是巴拿马城，成为随后西班牙人掠夺印加帝国的桥头堡，也是往后陆续运走掠夺回来的金、银等战利品的最主要港口、欧洲人在美洲新大陆的重要贸易中心之一。老巴拿马城的日益繁荣，被不少加勒比海盗觊觎，终于在1671年，英国海盗亨利•摩根攻克、洗劫并纵火烧毁了巴拿马古城。
1673年巴拿马城重建，即“巴拿马旧城（Casco Viejo）”，其保持了原来的城市格局和建筑风格，作为殖民时期的印证，巴拿马城几乎成为一个万花筒般的城市，西班牙、法国、意大利以及早期美国等风格所混杂成的建筑，居住有世界上各个地区的人，独立广场、耶稣会教堂及修道院、安孔山、巴拿马两洋运河博物馆等，城内到处都可以发现历史与现代的碰撞与融合。
巴拿马城临海靠山，风景如画，新城区高楼林立，街道笔直整洁，古老的教堂、城堡与式样新颖的现代建筑交错相间，壮丽典雅，赏心悦目。巴拿马运河上，船只吞吐，汽笛长鸣，辽阔的巴拿马湾波光粼粼，无边无际，犹如一幅自然画卷在人们眼前，1903年被定为巴拿马共和国的首都。