巴拿马生物多样性博物馆位于巴拿马城，馆内通过展示巴拿马丰富的物种，阐述数百万年前，巴拿马地峡（Isthmus
of
Panama）的出现对西半球生态所产生的重大影响，以及如何改变全球生物多样性的进程。
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巴拿马生物多样性博物馆（Biomuseo）地处巴拿马城的阿马多堤道（Amador Causeway）上，建成并开放于2014年10月。博物馆建筑外观以鲜艳色彩和几何折板结构呈现，形似“折叠的金属板”或“折纸艺术”，建筑面积4000多平米，耗资6000万美元。博物馆由著名建筑师弗兰克•盖里（Frank Gehry）设计，巴拿马是其妻子的娘家，这也是其在拉丁美洲的第一个设计作品。该设计构思于1999年，灵感来源于巴拿马地峡谷形成及其对自然环境的塑造作用，以及其对全球生态的影响；设计上沿用盖里标志性的规则碎面，搭配上天马行空的色彩，组合出一种兼收并蓄、同时极富标志性意义的结构。
巴拿马生物多样性博物馆由一处热带雨林花园与生物圈展馆组成，外部中庭设计为开放式公共区域，融入城市景观；内部则通过戏剧性雕塑与声音元素强化叙事性，讲述巴拿马地峡暴露时南、、北美洲物种交换的故事，甚至这一过程至今仍在持续。博物馆努力向外界展示自然界的奇观，从而强调对自然的保护。博物馆不仅是建筑艺术与自然科学的结合，更通过沉浸式体验传递生态保护理念，成为探索巴拿马自然与人文的重要窗口。
巴拿马生物多样性博物馆核心主题聚焦于巴拿马地峡的地质起源及其对全球生物多样性的影响，揭示物种迁徙与生态演化。内部展馆包含8个主题展馆，通过沉浸式体验展示热带雨林、珊瑚礁、草原等生态系统，从海洋到雨林，最终延伸至高空俯瞰巴拿马全景，形成“穿越时空”的展陈主线。
值得一提的是，巴拿马这片土地原本是不存在的，长久的板块运动导致海底火山岛抬升，才在300万年前形成巴拿马地峡。这使得南、北美洲的物种得以融合，导致大洋分割、洋流改向及气候变迁。然而，百余年前，该地峡却又被人为地挖开，重新连通两大洋，为生物多样性带来诸多新的变化。