Haploview 的用法-连锁不平衡分析
2017-01-05 09:39阅读：
Haploview 是分析连锁不平衡进行单倍型绘图的工具， Broad Institute负责维护。
是一个含有图形界面（GUI）和命令行界面（CLI）的工具
如果要查看使用帮助
F:\>java -jar Haploview.jar -n -h
Haploview 4.2 Command line options
-h, -help
Print this message
-v, -version
Print out the version number
-memory
allocates megabytes of memory (default
512)
-n, -nogui
Command line output only
-q, -quiet
Quiet mode- doesnt print any
warnings or informa
tion to screen
-log
Specify a logfile name (defaults to haploview.lo
g if no name specified)
-out
Specify a fileroot to be used for all output fil
es
-pedfile
Specify an input file (or http:// location) in p
edigree file format
-hapmap
Specify an
input file (or http:// location) in H
apMap format
-phasedhmpdata
Specify a HapMap PHASE data file (or
http:// loc
ation)
-phasedhmpsample
Specify a HapMap PHASE sample file (or
http:// l
ocation)
-phasedhmplegend
Specify a HapMap PHASE legend file (or
http:// l
ocation)
-gzip
Indicates that
phased input files use GZIP compr
ession
-hapmapDownload
Specify a phased HapMap download
-haps
Specify an input file (or http:// location) in .
haps format
输入文件内容可以是pedigree 和 info 格式，也可以是phase格式， 也可以是hapmap (*.hmp)格式
ped 和 info文件的格式如下：
ped 的第一列是种群或家系名， 第二列是个体名，第三第四第五是 父本，母本， 性别，第六列是表型（0，1，2）
info文件第一列是maker名字， 第二列是在染色体上的位置
参考：
https://www.broadinstitute.org/haploview/tutorial
https://www.broadinstitute.org/haploview/input-file-formats
使用方法如下：
这个命令 由于没有加 -n 参数，会启动图形界面
F:\>
java -jar Haploview.jar -memory 2000 -pedfile sample.ped
-info sample.info
这个命令 加了-n 参数， 直接在命令行输出结果， 输出一个图片，采用的色彩样式是RSQ，
图片格式是png，其它可选图片格式是svg
F:\>
java -jar Haploview.jar -memory 2000 -pedfile sample.ped
-info sample.info -
n -png -ldcolorscheme RSQ
*****************************************************
Haploview 4.2
Java Version: 1.8.0_112
*****************************************************
Arguments:
-pedfile
sample.ped
-info
sample.info
-n
-png
-ldcolorscheme
RSQ
Using data file: sample.ped
Using marker information file: sample.info
Writing output to sample.ped.LD.PNG
这个加了一些筛选Marker的参数 比如，hwcutoff ， maxDistance等
F:\>
java -jar Haploview.jar -memory 2000 -pedfile sample.ped
-info sample.info -
hwcutoff 0.0001 -maxDistance 500 -n -png -ldcolorscheme
GAB
*****************************************************
Haploview 4.2
Java Version: 1.8.0_112
*****************************************************
Arguments:
-pedfile
sample.ped
-info
sample.info
-hwcutof
f
0.0001
-maxDistance
500
-n
-png
-ldcolorscheme
GAB
Max LD comparison distance = 500kb
Hardy Weinberg equilibrium p-value cutoff = 1.0E-4
Using data file: sample.ped
Using marker information file: sample.info
File sample.ped.LD.PNG already exists and will be
overwritten.
Writing output to sample.ped.LD.PNG
F:\>
java -jar Haploview.jar -memory 2000 -pedfile sample.ped
-info sample.info -
minGeno 0.3 -hwcutoff 0.0001 -maxDistance 500 -n -png
*****************************************************
Haploview 4.2
Java Version: 1.8.0_112
*****************************************************
Arguments:
-pedfile
sample.ped
-info
sample.info
-minGeno
0.3
-hwcutoff
0.0001
-maxDistance
500
-n
-png
Max LD comparison distance = 500kb
Minimum SNP genotype % = 0.3
Hardy Weinberg equilibrium p-value cutoff = 1.0E-4
Using data file: sample.ped
Using marker information file: sample.info
Writing output to sample.ped.LD.PNG
minMAF 的参数取值范围是大于等于0 小于0.5
F:\>
java -jar Haploview.jar -memory 2000 -pedfile sample.ped
-info sample.info -
minMAF 0.2 -minGeno 0.3 -hwcutoff 0.0001 -maxDistance 250 -n
-png -ldcolorscheme
RSQ -dprime
*****************************************************
Haploview 4.2
Java Version: 1.8.0_112
*****************************************************
Arguments:
-pedfile
sample.ped
-info
sample.info
-minMAF
0.2
-minGeno
0.3
-hwcutoff
0.0001
-maxDistance
250
-n
-png
-ldcolorscheme
RSQ
-dprime
Max LD comparison distance = 250kb
Minimum MAF = 0.2
Minimum SNP genotype % = 0.3
Hardy Weinberg equilibrium p-value cutoff = 1.0E-4
Using data file: sample.ped
Using marker information file: sample.info
Writing output to sample.ped.LD
Writing output to sample.ped.LD.PNG
参考：
https://www.broadinstitute.org/haploview/data-check-options
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?p=65315
