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，以防该链接失效，我在下面重复一下安装过程（适用于
Linux/OSX）。
（1）
（2）
git clone
git://github.com/stnava/ANTs.git
cd antsbin ccmake ../ANTs make -j 4
cp ANTs/Scripts/* ./bin/
（3）
三、使用 ANTs 进行配准
简单介绍一下我使用 ANTs 进行 MRI 图像配准的方法，更详细的说明参见 ANTs 的官方文档
（1）
其中 MNI_T1_2mm_brain.nii.gz
这个配准过程在我电脑上大约需要 20 分钟，共生成 5 个文件，其中rega2t0GenericAffine.mat，rega2t1Warp.nii.gz 分别表示线性变换和非线性变换估计出的映射关系， rega2tWarped.nii.gz 表示配准后的图像，通过比较这个图像与标准大脑的差异，可以检查配准的质量。slicer brain.nii.gz -z -120 before_reg.png
slicer rega2tWarped.nii.gz -z -34 after_reg.png slicer
MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz -z -34
slicer MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz rega2tWarped.nii.gz -z -34
after_reg_on_standard.png
使用上面几行命令，（如下图所示）可以得到配准前（左上）、标准大脑（右上）、配准后（左下）以及将配准后的个体大脑（轮廓）叠加到标准大脑上的图像（右下）。
![使用ANTs进行MRI图像配准]( "使用ANTs进行MRI图像配准")
（2）
为了将个体功能像转换到标准大脑，并不是直接将功能像与标准大脑进行配准，而是以个体结构像为中介，将个体功能像配准到个体结构像，再根据个体结构像与标准大脑的映射关系，将个体功能像转换到标准大脑。下面几行命令实现个体功能像到个体结构像的配准（其中参数 r 表示刚体变换）： antsRegistrationSyN.sh
其中 brain.nii.gz
这个过程只需要 2-3
![使用ANTs进行MRI图像配准]( "使用ANTs进行MRI图像配准")
为了将功能像转换到标准大脑，需要联合从个体功能像到个体结构像、个体结构像到标准大脑的变换关系，具体实现命令如下：
antsApplyTransforms -d 3 -i example_func_brain.nii.gz -o example_func2standard.nii.gz \
-r MNI_T1_2mm_brain.nii.gz -t rega2t1Warp.nii.gz \
-t rega2t0GenericAffine.mat -t regf2a0GenericAffine.mat
这个过程生成一个文件，即 example_func2standard.nii.gz，也就是个体功能像变换到标准大脑后的图像，同样地，可以据此生成配准前后的比较图：
![使用ANTs进行MRI图像配准]( "使用ANTs进行MRI图像配准")
因为 fMRI 数据处理有很多步骤，如何将 ANTs 纳入其他处理步骤中是一个问题。就我所知，目前有两个现成的流水线工具包 C-PAC 和 fmriprep 都包含了 ANTs，不过我都没有用过，也不知道是否好用。
四、配准前的检查
配准前有必要检查一下两个图像间的空间朝向是否一致，方法是使用 ITK-SNAP，分别打开待配准的两
个图像，查看朝向是否一致，因为 ANTs 和 ITK-SNAP 使用的是相同的坐标系统（参考资料）。理论上，
应该先检查再做配准，之所以放到把这个步骤放到最后，是因为实际操作中我还没有发现过朝向出错的情况，而且逐个检查数据非常花费时间。
（1）
（2）
git clone
git://github.com/stnava/ANTs.git
cd antsbin ccmake ../ANTs make -j 4cp ANTs/Scripts/* ./bin/
（3）
三、使用 ANTs 进行配准
简单介绍一下我使用 ANTs 进行 MRI 图像配准的方法，更详细的说明参见 ANTs 的官方文档
（1）
antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f MNI_T1_2mm_brain.nii.gz -m brain.nii.gz -o rega2t
其中 MNI_T1_2mm_brain.nii.gz
这个配准过程在我电脑上大约需要 20 分钟，共生成 5 个文件，其中rega2t0GenericAffine.mat，rega2t1Warp.nii.gz 分别表示线性变换和非线性变换估计出的映射关系， rega2tWarped.nii.gz 表示配准后的图像，通过比较这个图像与标准大脑的差异，可以检查配准的质量。slicer brain.nii.gz -z -120 before_reg.png
slicer rega2tWarped.nii.gz -z -34 after_reg.png slicer
MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz -z -34
slicer MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz rega2tWarped.nii.gz -z -34
after_reg_on_standard.png使用上面几行命令，（如下图所示）可以得到配准前（左上）、标准大脑（右上）、配准后（左下）以及将配准后的个体大脑（轮廓）叠加到标准大脑上的图像（右下）。
（2）
为了将个体功能像转换到标准大脑，并不是直接将功能像与标准大脑进行配准，而是以个体结构像为中介，将个体功能像配准到个体结构像，再根据个体结构像与标准大脑的映射关系，将个体功能像转换到标准大脑。下面几行命令实现个体功能像到个体结构像的配准（其中参数 r 表示刚体变换）： antsRegistrationSyN.sh
其中 brain.nii.gz
这个过程只需要 2-3
为了将功能像转换到标准大脑，需要联合从个体功能像到个体结构像、个体结构像到标准大脑的变换关系，具体实现命令如下：
antsApplyTransforms -d 3 -i example_func_brain.nii.gz -o example_func2standard.nii.gz \
-r MNI_T1_2mm_brain.nii.gz -t rega2t1Warp.nii.gz \
-t rega2t0GenericAffine.mat -t regf2a0GenericAffine.mat
这个过程生成一个文件，即 example_func2standard.nii.gz，也就是个体功能像变换到标准大脑后的图像，同样地，可以据此生成配准前后的比较图：
因为 fMRI 数据处理有很多步骤，如何将 ANTs 纳入其他处理步骤中是一个问题。就我所知，目前有两个现成的流水线工具包 C-PAC 和 fmriprep 都包含了 ANTs，不过我都没有用过，也不知道是否好用。
四、配准前的检查
配准前有必要检查一下两个图像间的空间朝向是否一致，方法是使用 ITK-SNAP，分别打开待配准的两
个图像，查看朝向是否一致，因为 ANTs 和 ITK-SNAP 使用的是相同的坐标系统（参考资料）。理论上，
应该先检查再做配准，之所以放到把这个步骤放到最后，是因为实际操作中我还没有发现过朝向出错的情况，而且逐个检查数据非常花费时间。