VMD提取DSSP计算的蛋白二级结构逐帧变化做图

#上一个博文中介绍用vmd提取dssp计算的二级结构，生成sec4traj.txt数据文件。然后就是需要做图，如同gmx的do_dssp生成的类似的图。
#导入数据
mysecdata <- read.table('sec4traj.txt', header=T, check.names=F, colClasses='character')
#定义为matrix
mysecdata <- as.matrix(mysecdata)
#拷贝一个进行数据处理
mysec <- mysecdata
#现在的情况是mysec的data还是character类型，先转换一下，根据dssp的定义
#H = alpha helix
#B = residue in isolated beta-bridge
#E = extended strand, participates in beta ladder
#G = 3-helix (3/10 helix)
#I = 5 helix (pi helix)
#T = hydrogen bonded turn
#S = bend
#我们的数据里的 X = loop or irregular
#其实到这里为止就可以统计各种二级结构的百分含量了，例如我们要统计alpha helix的含量，就是计算每一行中字母“H”的含量；
perH <- NULL
for(i in 1:nrow(mysec)){perH[i]=length(which(mysec[i,]=='H'))/ncol