R语言绘制heatmap热图

2013-04-02 13:25阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/2214034580

原文来自于：http://flowingdata.com/2010/01/21/how-to-make-a-heatmap-a-quick-and-easy-solution/ 相关参考：http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/heatmap.html
命令修改：row.names<- nba$Name
最后一条命令要修改为：

nba_heatmap <-

heatmap

(nba_matrix,
Rowv=

NA

,
Colv=

NA

, col =

cm.colors

(256),
scale=

'column'

,
margins=

c(5,10),labRow =row.names)

还要说明有的行数比较多的时候，需要设置字体的大小，可以将此值设置的小一点：cexRow=0.1,l如果列数比较多cexCol=0.1也可以设置多小一些

此外，Rowv、Colv 分别代表的是否在热图上画出相关的聚类树

数据模板类型如下：

R语言绘制heatmap热图

命令模板：

library(gplots) x<-read.csv('All-expression-normalize-filter-10.tsv',sep='\t')
row.names<-x$name
x<-x[,1:8]
y<-data.matrix(x)
x_heatmap<-heatmap(y,Rowv=TRUE,Colv=NA,col=cm.colors(256),margins=c(5,10),labRow=row.names,cexRow=1,cexCol=0.5)

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
除了以上heatmap,R中还有：heatmap.2增强版的
x<-read.csv('data.csv',sep=',')
row.names<-x$Name
x<-x[,2:20]
z<-as.matrix(x)
heatmap.2(z,col=redgreen, labRow=row.names,trace='none')

R语言绘制heatmap热图

参考：http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/Rdoc/library/gplots/html/heatmap.2.html

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